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花椰菜（Brasica oleracea var.botrytis L.）是世界上重要的蔬菜作物之一,由于其营养价值高,适应性广,种植面积大,在我国蔬菜产业占有重要的地位。花椰菜是异花授粉作物,具有显著的杂种优势,目前市场上广泛利用的均为杂交一代的种子。杂种优势的充分表现与种子遗传纯度有着密切的联系,如果种子纯度太低就会给生产带来很大的影响。因而,建立准确、高效、快速地鉴定花椰菜品种与检测种子遗传纯度的方法是目前蔬菜生产中的一个重要课题。本研究利用三种分子标记体系RAPD、ISSR和SSR对上海及周边地区广泛种植的银冠花椰菜种子遗传纯度进行检测。以银冠花椰菜F1及父母本为材料,筛选多态性引物,结果发现两个RAPD引物（NAURP23和NAURP56）,两个ISSR引物（NAUISR43和NAUISR75）及两对SSR引物（NAUSSR2和NAUSSRl4）能够同时在F1代中产生父母本特异条带,这些特异条带可以用来进行检测杂交种种子遗传纯度。检测结果表明,210个单株中发现了3株为假杂种,分别为4号、178号、184号单株。六个引物扩增的结果都显示这三个单株扩增的图谱与其母本的扩增图谱很相似,都未产生父本特异标记,推测其为母本自交产生的假杂种。这一结果与田间形态学鉴定结果高度一致。因而,银冠花椰菜种子遗传纯度为98.57%。本研究表明,RAPD、ISSR、SSR这三种标记体系都能够有效地鉴定花椰菜种子遗传纯度,而且综合利用三种标记的检测结果比单一使用其中一种标记检测的结果更加准确可靠。同时,本研究利用RAPD、ISSR、SRAP三种分子标记技术对全国广泛种植的30个花椰菜品种及1个青花菜、1个甘蓝品种进行了指纹图谱的分子标记分析,分别构建了三种分子标记数字化核酸指纹图谱。分析结果显示:32个品种间存在着较高的多态性,综合这两个引物的分析结果可以完全区分开32个供试品种。利用三种分子标记构建的指纹图谱进行了聚类分析,结果均显示甘蓝、青花菜与花椰菜品种间的亲缘关系较远。花椰菜不同品种间的亲缘关系与其分布的地理位置及其品种特性有很大的关系。研究结果表明RAPD、ISSR、SRAP三种分子标记技术均能有效地应用于花椰菜作物的品种鉴定及遗传多样性分析领域,为新品种的选育及新品种的保护提供有力的理论依据和可靠的技术保障。