随着医疗市场的不断发展，医疗体制改革的不断深入，医院内部控制制度是新医改形势下公立医院管理的重要组成部分，建立健全医院内部控制制度，对提高医院管理水平有着重要的意义，只有不断健全与完善内部控制制度，加强内部经营管理，提高医院内部控制的效率和效果，才能更好地应对医院市场化经营所面临的各项风险与挑战。但在规范和提高医院内部控制制度实施过程中，存在一些问题，需要进一步完善和提高。本文采取理论分析与案例研究相结合的方法，以产权理论、利益相关者理论为基础，对湖南省第二人民医院内部控制制度的现状进行分析，指出湖南省第二人民医院内部控制制度存在利益相关者制度权配置不当、内部控制制度整体框架不完善以及关键内部控制制度不健全的问题。提出要设计利益相关者行使内部控制制度权，然后借鉴了企业的内部控制制度要素（包括控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督），结合公立医院的自身情况，确定了公立医院内部控制制度的要素。随后选择湖南省第二人民医院关键内部控制制度进行案例分析，并提出了从服务质量内部控制制度、采购管理内部控制制度、医疗纠纷内部控制制度、货币资金内部控制制度、成本费用内部控制制度这五个方面来加强湖南省第二人民医院内部控制制度建设。随后，对湖南省第二人民医院内部控制制度提出了改进建议：第一，具体设计出让利益相关者行使内部控制制度权，包括建立医院相关信息平台以及让医院利益相关者发挥作用。第二，从两方面来建立完善的湖南省第二人民医院内部控制制度整体框架，一方面是从公立医院内部控制制度应遵循的全面性原则、重要性原则、制衡性原则、适应性原则、成本效益原则和公益性原则这六个原则的运用上去建立湖南省第二人民医院内部控制制度基本规范；另一方面是从办医效果和效率，资产的安全完整，遵循国家的法律和法规，会计和管理信息的真实、完整和有用这四个内部控制目标上去建立湖南省第二人民医院内部控制制度基本规范。第三，建立健全医院关键内部控制制度规范，首先建立服务质量与医疗纠纷内部控制制度，其次建立采购管理与货币资金及成本费用内部控制制度。