藻类作为河流生态系统的主要初级生产者,具有分布广泛、种类丰富和生活周期短等特点,是水环境监测和评价的常用指示生物。赤水河作为长江上游重要的一级支流,随着经济的快速发展,赤水河部分流域面临着水生生物数量减少、生物多样性降低和水体富营养化程度加重等问题。流域水环境是维持河流生物多样性和实现生态功能良好发展的基础,开展该流域水生态系统富营养化评估研究具有十分重要的现实意义。因此,本研究以赤水河流域底栖藻类作为研究对象,在2019年9月～2021年3月期间的春、夏、秋和冬季,测定了赤水河流域36个代表性样点的理化指标和底栖藻类生物量,同时开展基于形态学鉴定和e DNA宏标签测序技术的底栖藻类群落结构特征研究。在确定影响底栖硅藻类群落组成、生态分布和季节演替的关键环境因子基础上,筛选适合评价赤水河流域水质的多样性指数和硅藻指数,并对其富营养化状况进行评估,同时确定该流域的底栖硅藻氮、磷临界指示种,为控制河流污染物总量和提高生态系统稳定性提供主要依据,也为建立关键环境因子预警阈值的指标体系提供科学依据。主要的结果如下:1.不同季节和不同样点的水温、电导率、流速、总氮和总磷等环境因子差异显著（P＜0.05）。秋季的总氮浓度最高,且上游显著高于中、下游（P＜0.05）,其中上游铜车河支流的总氮浓度最高。夏季的总磷浓度显著高于其它季节,不同流域的总磷浓度也存在显著差异（P＜0.05）,中、上游支流样点的总磷浓度显著高于下游支流样点,其中扎西河和盐津河等支流样点的总磷浓度较高。底栖藻类的Chla浓度表现为冬季最高,夏季最低;分析显示底栖藻类的Chla浓度与流速呈显著负相关,与水温、电导率、总磷呈显著正相关（P＜0.05）。实验期间该流域存在底栖硅藻2纲7目17科41属258种,其中扁圆卵形藻多孔变种（Cocconeis placentula var.euglypta）在春、夏和秋季占绝对优势;变异直链藻（Melosira varians）在春季中游样点的相对丰富度为51%;极细微曲壳藻（Achnanthes minutissima）是下游样点的主要优势种。典型对应分析（Canonical Correspondence Analysis,CCA）结果表明影响春、秋季底栖硅藻群落组成的关键环境因子是水温和总溶解性氮;而总溶解性磷、可溶活性磷和总氮是影响夏、冬季底栖硅藻群落分布的主要环境因子。2.eDNA宏标签测序共获得470个底栖硅藻OTU,鉴定出4纲11目28科48属64种,硅藻纲占90%以上,卵形藻属（Cocconeis）和舟形藻属（Navicula）分别是上游样点和中游样点的主要优势属。Richness、Chao1和Shannon指数表明春季和冬季的底栖硅藻群落多样性显著高于秋季。形态学鉴定和e DNA宏标签测序技术是两种不同获取底栖硅藻数据的技术方法,比较分析显示前者在种水平鉴定方面具有更大的优势,而后者虽然对环境样品的研究具有很好的重复性,但只能检测科、属水平已知的底栖硅藻相对丰富度的时空变化。3.赤水河流域冬季底栖硅藻的丰富度指数、香浓威纳多样性指数显著高于其他季节（P＜0.05）,综合分析表明冬季底栖硅藻群落的生物多样性最高,氮、磷浓度较高的铜车河和倒流河的底栖硅藻群落稳定性低于其他样点。硅藻营养指数（Trophic Diatom Indiex,TDI）和欧盟硅藻指数（Commission for Economical Community metric,CEE）的评估结果表明赤水河流域整体水质等级为“中等”,其中源头和中下游干流等流域水质较好,桐梓河、大同河和习水河等支流水质优于铜车河、盐津河和古蔺河。4.底栖硅藻群落与水体氮、磷浓度的定量分析显示,赤水河流域底栖硅藻群落组成相对稳定的总氮和总磷浓度的最高阈值分别为0.64 mg/L和0.037 mg/L;当二者的浓度超过1.72 mg/L和0.044 mg/L时,污染耐受种的数量减少,且群落组成发生明显变化。同时,确定了9种总氮和13种总磷底栖硅藻临界指示种,其中,极细微曲壳藻的总氮阈值在5种负响应物种中最高（1.57 mg/L）;4种正响应物种中,扁圆卵形藻多孔变种的总氮阈值最高,为1.72 mg/L。6种负和7种正响应总磷临界指示种中,劳恩堡曲壳藻（负响应）和谷皮菱形藻（正响应）的阈值最高,分别为0.048和0.150 mg/L。赤水河流域上游及铜车河等6个样点的总氮和盐津河样点的总磷浓度分别高于底栖硅藻群落的最大临界阈值,表明这些流域受到了一定程度的干扰,需要控制该流域氮、磷等营养盐的输入。