在当前我国高校发展中,高等院校的科研经费管理逐渐成为了一个热点和难点问题,关于科研经费管理方面的研究既有理论意义同时兼有实际价值。特别是北京地区作为国家政治、科技、文化的中心,长期以来积累了深厚的科学研究基础,北京市市属高校从科研人员、经费投入、科研成果及其转化来看,都呈现出良好势头。同时,通过对北京市市属高校的具体研究和对部属院校的比对研究,找寻新思路,研究新方法争取解决在北京市科研经费管理上的一些问题提出针对性意见。首先,界定科研经费及管理的相关概念,介绍科研经费管理的主要内容,介绍与本文研究相关理论。其次,分别找到北京工业大学、首都师范大学、中国农业大学为研究样本,分析其学校科研经费管理情况。从协调视角管理、企业财务管理、分级管理三种科研经费管理模式研究,并从科研经费申请、使用和决算三个环节等着手,运用分层次描述分析、对比分析北京市市属高校与教育部直属主要存在的问题。再次,通过上一部分的现状研究,发现一些在科研经费管理过程中具有代表性的现实存在的问题,并且对发生的问题进行深入的研究梳理,找到其根源,分析其成因。最后,本文提出了一些完善北京市市属高校科研经费管理模式的对策及建议。并以此推导出理论上更为先进动态管理模式,希望将此模式在各个高校之间推行,提升科研经费管理效率,真正的把经费用在科研发展中,让北京市的科研水平更上一个台阶。