近年来随着侵害投资者权益的事件频频报出,对投资者权益的保护越来越受到各方面的重视。由于机构投资者在我国资本市场中的比例较低,中小投资者成为了资本市场上重要的参与主体,2013年12月23日国务院发布的《关于进一步加强资本市场中小投资者合法权益保护工作的意见》的文件中也强调了保护中小投资者权益对于我国资本市场而言的意义及重要性,可以预见对中小投资者保护在未来也将越来越受到重视。现代企业经营过程中所有权与经营权的“两权分离”致使投资者与经理人之间产生利益冲突,同时又由于中小投资者相较于大股东不愿意主动对经理人进行监管而是将监管权委托给大股东,这两重委托代理问题共同构成了影响中小投资者权益的“双重代理”问题。伴随着美国SOX法案的出台,我国也相继出台了《企业内部控制基本规范》及相应的《企业内部控制配套指引》,这些文件均对我国上市公司内部控制建设提出了相应的一些要求和建议。内部控制的主要目的是约束经理人以保证其实现以实现投资者价值最大化的经营目标,本文认为实现投资者价值最大化同时包含了实现大股东价值最大化及实现中小投资者价值最大化,即实现对中小投资者权益的保护也是内部控制运行的目的之一,内部控制的有效运行能够使得中小投资者的权益得到一定程度的保护。但从现有的相关文献来看,国内外学者的研究多是集中于对内部控制对企业绩效、企业价值、盈余管理的研究,对投资者保护的研究基本都是则基本都是简介研究。本文从委托代理理论入手,对于上市公司的内部控制有效性与中小投资者权益保护直接关系的研究,应当具有一定的理论意义和应用价值。本文的研究内容主要包括以下六个部分：第一部分为绪论,主要介绍了本文的研究背景和研究意义、研究方法、研究内容与研究创新；第二部分为文献综述,从国内外学者对于投资者保护、内部控制有效性、中小投资者保护与内部控制有效性的关系三个方面进行了梳理和总结,并作了简要评述；第三部分为基础理论分析与本文的研究假设,主要阐述了内部控制有效性的意义,中小投资者保护的意义及重要性以及委托代理理论和“双重代理”问题的产生,并从“双重代理”问题入手,分析内部控制有效性与中小投资者保护之间的关系,继而提出本文的研究假设；第四部分为实证研究,首先构建了一个用于本文研究的中小投资者保护指标体系,接下来介绍了本文实证研究的数据来源、变量定义方法与模型的建立,并在描述性统计、相关性分析的基础上对内部控制有效性与中小投资者保护的关系进行了多元回归分析,并运用方差膨胀因子对变量间自相关问题进行分析；第五部分为研究结论与建议,在理论分析与实证研究的基础上,总结本文的研究结论并据此提出相应的政策建议,同时指出本分研究的不足与局限性。其中,在构建中小投资者保护指标体系时运用了变异权数法,构建指标体系的变量选择了能够反映中小投资者的指标；在变量选择方面,本文以迪博企业风险管理技术有限公司发布的《中国上市公司内部控制指数》作为上市公司内部控制有效性的代理变量。通过理论分析与实证检验,本文得出的主要结论有：(1)内部控制的有效运行能够在一定程度上实现对中小投资者的保护。(2)不论是在国有企业还是在非国有企业中,内部控制有效性与中小投资者权益保护均呈显著的正相关关系,但是非国有企业中二者之间的相关系数要大于国有企业中的相关系数,非国有企业中内部控制有效性对于中小投资者保护的影响要比在国有企业中更明显。(3)在构建中小投资者保护指标体系时发现对中小投资者保护影响最大的是现金股利的发放情况,而独立董事比例与信息披露质量对中小投资者保护的影响较小。