切花菊,作为一种观赏型经济作物其具有花形丰富、贮藏周期长和繁殖栽培容易等特点。切花菊属于世界四大切花之一,在中国、荷兰、日本等地种植面积广泛。然而,像大豆、马铃薯、葡萄等作物一样,长期连作会导致切花菊病害增加、植株矮小、花序减少等症状,严重影响切花的品质,给种植户造成了巨大的经济损失。在对其它作物连作的研究中,连作障碍的发生归因于单一作物的长期连作造成的种植土壤理化性质衰退、病原微生物增加、植物的化感自毒作用等。应对连作障碍,利用不同作物轮作换茬是减轻作物连作障碍发生的重要手段,但其常与低经济价值轮作,这就不可避免的减少了种植户的经济效益。为了较彻底消除土壤中的病原微生物,物理及化学熏蒸法是常用的手段。尤其是化学熏蒸法,能去除土壤中的大部分病原菌。然而,在消灭病原菌的同时熏蒸剂也杀死了土壤中的有益类群,对土壤生态造成了较大的破坏。近年来,生物学家正探索一种绿色可持续的方法来应对连作障碍的发生。在这一过程中,植物根际微生物的作用被渐渐的揭示。根际微生物群落是指紧密附着于根表土壤颗粒中的细菌、真菌等的集合,参与植物生长发育的各个阶段。根际微生物群落的结构与稳态直接关系着作物的健康。利用根际中的有益类群及核心微生物组合而成的简易微生物群落能够显著提升作物品质和产量,减轻连作障碍的不利影响。然而,切花菊作为一种易产生连作障碍的花卉作物,其根际微生物群落的组成和连作下的动态尚未完全揭示。为了揭示切花菊连作障碍发生的机制并促进切花菊连作障碍治理措施的进一步发展,本研究利用二代扩增子测序技术,监测了4种切花菊在0-3年中根际微生物群落的动态及土壤理化性质的变化。结果表明,连续单作显著改变了切花菊根际细菌和真菌群落的组成与结构。并且,随着连作时间的增加,真菌群落的丰富度显著上升,生防菌数量减少,植物病原菌数量增多,致使“真菌型”群落的产生。基于FAPROTAX的原核微生物功能注释发现,切花菊根际与氮、硫代谢以及几丁质裂解相关的功能丰度显著下降,表明连作弱化了根际细菌群落的元素转化能力,导致根系的可利用营养减少。基于FUNGuild的真菌功能注释结果显示,切花菊连作的根际土壤中植物病原营养型的真菌占绝对优势地位（一些样本中甚至超过50%）,经过对比发现这些类群主要属于枝顶孢属（Acremonium）、固球藻科（Plectosphaerellaceae）、镰刀菌属（Fusarium）和枝孢霉属（Cladosporium）。尽管镰刀属的物种是造成切花菊发生枯萎病病害的主要病原菌,但其余病原真菌在根际中的大量富集可能预示着它们共同导致切花菊性状的劣化。连续单作也使土壤中的铵态氮含量显著降低,使土壤的盐度逐渐上升。长此以往,就会造成土壤中的可利用养分不足以及盐渍化的发生。基于高通量分析结果可以得出,在切花菊的连作过程中,微生物群落的转变以及土壤理化性质的劣化共同造成了切花菊连作障碍的发生。