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禽流感(Avian Influenza，AI)、新城疫(Newcastle Diseases，ND)、传染性支气管炎(Infectious Bronchitis，IB)是对家禽养殖危害较大的3种呼吸道传染病。本研究拟采用全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS)方法，对全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism，SNP)与特定疾病抗体水平之间进行关联分析，来筛选与这3种疾病抗体水平密切相关的基因组区域、显著位点或候选基因，以进一步解析疾病抗体水平产生的分子遗传机制，同时对特定靶位疫苗和抗病营养添加剂的研发也具有一定理论指导意义。
本研究以广东省农业科学院畜牧研究所正常接种免疫的快大优质肉鸡父系A×惠阳胡须鸡全同胞资源群体为材料，用ELISA方法对511只F2代个体血清进行AI、ND和IB抗体水平检测，并用Illumina公司的鸡60K高密度SNP芯片(共57636个SNPs)对该资源群体的个体进行基因分型。
利用DMU软件对抗体水平检测结果进行遗传力、遗传相关估计和表型相关分析，结果发现：AI和ND抗体水平的遗传力估计值分别为0.254和0.420，两者都属于中等遗传力，但IB抗体水平遗传力估计值仅为0.001。AI和ND抗体水平存在表型相关和遗传相关，相关系数分别为0.523和0.431，其余抗体水平之间未发现相关性。
利用高通量SNP芯片对F2代个体样本进行SNP分型，经质控和筛选，57636个SNPs中共有39498个SNPs符合用于后续分析的标准。单位点全基因组关联分析表明，以P值等于10-4为显著水平阈值，则与AI、DN和IB抗体水平显著关联的SNPs分别有12个、38个和4个。Bonferroni校正后仅有GGaluGA033861与ND抗体水平达到显著关联，另有4个SNPs属于ND低显著水平，分别为Gga rs14856616，Gga_rs13903347, Gga_rs13907055和Gga rs13903098。
生物信息学分析表明，多重检验关联显著的GGaluGA033861(2.28×10-6)位于与IgM产生有关的B细胞活化因子HACS1基因下游。低显著性水平的Gga_rs14856616位于MRCOX-2(CD200)附近，与T-cell反应相关。低显著性水平的Gga rs13903347和Gga_rs13903098位于免疫应答与调节有关的T-cell应答调节Ephrin-A6基因的内含子。本研究初步认为，HACS1基因、MRCOX-2(CD200)和Ephrin-A6基因很可能是与新城疫抗体水平存在关联的候选基因。另外未校正前的38个SNPs(P＜0.0001)集中在1号染色体89794238-112103291bp，且连锁较紧密，可以作为影响ND抗体水平研究的热点候选区域。
全基因组范围内的SNP位点间互作关联分析表明，有13对SNPs与AI抗体水平关联达到显著性水平，91对SNPs与ND抗体水平关联达到显著性水平，但未发现与IB抗体水平有达到显著性水平的关联SNPs。对不同禽病抗体水平之间的互作分析显示，AI和ND共享大量达到显著性水平的关联互作位点，从而在基因组水平显示了两者之间抗体水平的相关性。