目的：
　　基于《内经》五运六气理论，研究马印麟《瘟疫发源》中关于瘟疫防治的理、法、方、药等理论，探求其瘟疫的治疗特色，指导临床瘟疫疾病的预防与治疗。
　　方法：
　　本文运用归纳总结、内容分析等方法对《瘟疫发源》中五运六气基本内容、五运六气天时民病特点、瘟疫发生规律、症状特点、治疗原则、病案则验进行研究；运用数学研究法对《瘟疫发源》中五运六气方药的组方用药特点进行研究，以梳理《瘟疫发源》瘟疫疾病的治疗特色。
　　结果：
　　1.《瘟疫发源》中五运六气的基本内容与《内经》中五运六气理论相吻合。
　　2.《瘟疫发源》五运六气天时民病的论述中共总结出34个易发生瘟疫的年份。包括10个三年化疫年份，14个五郁致疫年份，8个微疫年份。其中三年化疫的论述与《内经》中有所不同。
　　3.马印麟结合《内经》中五运五郁理论与吴又可论治瘟疫的思想，认为瘟疫主要的症状为热症，不同岁运兼有不同的郁气。在治法上提出以清热为主，根据五郁治则兼以散郁。
　　4.马印麟以五瘟丹为基础治疗瘟疫，根据不同的运气特点佐以不同的方剂。土郁为疫使用五瘟丹加泻黄散；木郁为疫使用五瘟丹加龙胆泻肝汤；君火郁为疫使用五瘟丹加竹叶导赤散；相火郁为疫使用五瘟丹加凉膈散；水郁为疫使用五瘟丹加青黛解毒饮。五瘟丹专治瘟疫热症，余下六首方剂的组方特点以治邪气所郁脏腑病变为主。在用药上，以四气为寒性的药物、五味以苦味的药物为主，无热性与酸味的药物；归经上多归肺经。
　　5.瘟疫病案与瘟疫则验部分为马印麟对自身前期五运六气瘟疫理论的实践与验证，其中所出现的疾病特点与气候特点基本与马印麟前期的学术思想相吻合。
　　结论：
　　1.马印麟将五运六气理论应用于瘟疫学当中，由博返约。《瘟疫发源》是一部基于五运六气理论论述瘟疫的专著。
　　2.《瘟疫发源》继承《内经》五运六气理论，总结出易发生瘟疫的年份，将瘟疫分为三年化疫、五郁致疫、微疫三类。对《内经》五运六气理论既有继承，又有发展。
　　3.瘟疫症状以热症为主，兼有五郁的表现，对不同运气条件下所患瘟疫疾病的辨证起到了指导作用。
　　4.在治疗上将时行瘟疫之热症与五运五郁相结合，提出清热与散郁相结合的治疗原则，既继承了五运六气理论、瘟疫热症治疗特色，又进行了创新。
　　5.《瘟疫发源》中所列七首五运六气药方均取自他著，分别对应时行瘟疫与五郁，主要治疗五运五郁相应脏腑的郁热邪气，符合一定的运气特点；用药方面气味多用苦寒，药物归经多归肺经，体现了瘟疫热症的基本治则。
　　6.书中下卷记载的瘟疫病案以及瘟疫则验是马印麟自身临床实践经验，是对自身学术思想以及五运六气理论、瘟疫理论的进一步深化，验证了《瘟疫发源》中基于运气理论指导瘟疫疾病治疗的可行性。