党中央提出了建设和谐社会的战略目标，转变政府职能、调整分配结构已经纳入发展的日程。政府组织是社会的一个重要组成部分，既需要法律和政策对其利益关系进行调整，又是党的方针和政策的执行者，为此本文将政府组织作为一个相对独立的系统考察其内部各种组成部分的利益关系。中央和地方政府组织关系的核心是利益关系，地方政府组织之间在利益方面既有竞争又有合作的关系，部门利益的存在推动了公共权力的异化等等导致了政府组织内部的利益关系失衡，通过分析利益失衡产生的原因和存在的基础以及对政府组织行为的影响，阐释了失衡对社会经济的危害。在此基础之上，提出实现均衡的六个方面对策。本文分三个部分对这个问题进行了阐述。第一部分界定了政府组织的范围，分析了政府组织利益存在的客观性，将政府组织利益区分为正当利益和非正当利益，确定了政府组织利益均衡的标准。第二部分对政府组织利益的非均衡现象进行了剖析，找出政府组织利益非均衡的主要形式，分析各种形式的非均衡产生的原因、存在的基础、对社会的危害。重点考察了上下级之间、地区之间、部门之间各种利益关系导致的非均衡。上下级之间主要是从行政关系、财税关系、博弈关系角度进行分析；地区之间的非均衡主要是从自然人文条件差异、政策执行差异、竞争与合作关系方面进行分析；部门之间非均衡主要从权力分配差异、部门割据、制度缺位等因素进行探讨。第三部分从政府组织利益非均衡产生的原因和存在的基础入手，结合中外研究成果，提出达到均衡、消除危害的措施，即转变政府职能、合理配置事权、财权和事权统一、建立畅通的利益表达机制、健全监督制约机制、强化道德建设和行政伦理建设，并探讨了各项措施的可行性。