基于乳腺癌患者WTAP/YTHDF1表达的基因特征和肿瘤免疫表型

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背景与目的:N6-甲基腺苷(m6A)是一种重要的表观遗传修饰,可以控制肿瘤的自我更新和细胞命运,WTAP和YTHDF1分别是m6A修饰中的编码器和读码器。最近,免疫疗法被证明在乳腺肿瘤中有良好的治疗效果,免疫环境在癌症的进展和治疗方面引起了越来越多的关注。本研究旨在探讨WTAP/YTHDF1基因与乳腺癌(BRCA)免疫学特征的关系。方法:我们研究了癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的1171例乳腺组织样本中WTAP和YTHDF1的表达。基于WTAP和YTHDF1表达水平的一致性聚类方法将患者分为两组。比较两组患者的临床信息,并进行基因集富集分析(GSEA),以确定两组间功能的差异。免疫浸润分析采用ESTIMATE、CIBERSORT和单样本基因集富集分析(ss GSEA)。此外,我们在肿瘤样本中评估了免疫检查点抑制剂(ICIS)靶点的表达和肿瘤突变负荷(TMB)。采用GSE20685对两组间免疫学特征进行外部验证,并通过体外RT-q PCR实验证实WTAP和YTHDF1在乳腺癌组织和癌旁组织中存在表达差异。结果:我们根据WTAP和YTHDF1的表达通过一致性聚类分析将乳腺癌患者分为两组。group 1 WTAP高表达,YTHDF1低表达;group 2 WTAP低表达,YTHDF1高表达。group 2的淋巴分期显著高于group 1。免疫浸润分析表明group 1中免疫细胞浸润程度更高,免疫检查点的表达及肿瘤突变负荷更高。此外,WGCNA鉴定出15个与WTAP和YTHDF1表达及免疫评分相关的基因。结论:WTAP和YTHDF1的表达可能与乳腺癌的免疫浸润有关并可能为乳腺癌免疫治疗提供新的靶点。group 1(WTAP:高表达;YTHDF1:低表达)患者在免疫细胞浸润程度、免疫检查点的表达和肿瘤突变符合等方面均显著高于group 2(WTAP:低表达;YTHDF1:高表达),这些结果表明group 1患者自身抗肿瘤免疫更强,可能对免疫治疗有更好的应答。
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