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本论文以全新的视角论述了资源配置的基本方式以及与产业结构的关系，构建了资源优化配置的基本理论框架。在此基础上系统地剖析了国防科技工业的产业特点、产品供需关系和市场结构；深入探讨了在和平时期实施“军转民”发展战略的必要性和重大意义，着重分析了“军转民”与国防科技工业资源优化配置的关系，提出了“寓军于民”的军工发展模式是实现军工资源再次配置的有效途径。论文系统地论述了运用先进的运筹学思想——数据包络分析(简称DEA)建立数学模型对国防科技工业在实施“军转民”发展战略之后的绩效进行分析评价的定量分析过程。在分析DEA两个基本模型C~2R和C~2GS~2的基础上，建立了基于DEA的聚类分析模型，对国防科技工业企业资源配置的有效性进行聚类分析，进而得出国防科技工业资源配置相对有效的客观性结论。论文从战略高度提出了我国国防科技工业资源优化配置应对策略和建议，指出军工企业改制的必要性、可行性和具体操作，提出了优先发展航空航天工业和重点扶持船舶工业等的政策建议，阐明了国防科技工业各行业达到资源配置最佳效果的有效途径。