农民视土地为生命的源泉，辛勤耕耘、精心呵护。土地及其收益，是农民最重要、最大的权益，是农民的根本权益所在。维护农民的土地权益就是维护农民的根本利益，侵害农民的土地权益就是侵害农民的根本利益。然而，随着我国社会经济的持续发展，现行的土地制度已经不能很好地适应这一发展变化，制度自身的缺陷与弊端渐渐暴露，土地违法行为时有发生，严重威胁着农民的合法土地权益甚至农村的社会稳定。 本文从现有土地制度相关政策框架入手，深刻剖析了政府、集团、集体、农民等不同利益主体之间的关系，并以昆山农地转型的实证数据作了进一步论证。接着，分析了农民权益缺损的现状和问题，揭示了其权益受损的深层原因。在对国内农地制度与政策创新模式的介绍中，重点分析了昆山集体土地流转模式的经验和隐忧，并介绍了当地政府保护农民权益所采取的一系列措施及国外政府在这方面较好的做法。通过对国内外农民权益保障既有解决方案的系统分析，提出农民自身维权、进行法律改革和政府加强行政管理三种可行途径来保护农民权益。本文认为，转型期农民权益保障问题是个涉及到多方利益主体、颇为复杂的难题。政府应在法律改革的基础之上，对自身角色进行重新定位，采用多种制度和多种渠道来保障农民权益。包括：规范和完善土地承包经营权流转、改革地方税费制度、建立土地监督管理机制、设立专门法律援助机构、制定农民权益长期保障规划等。