甘蔗是一种高光效的C4植物，生物产量高，收益大。发展甘蔗生产，对提高人民的生活、促进农业和相关产业的发展，乃至对整个国民经济的发展都具有重要的地位和作用。甘蔗一般种植在水肥条件充足的热带或亚热带地区，由于人口的增多，粮食安全问题的日益突出和土壤沙漠化等生态环境的恶化，甘蔗逐渐种植到比较贫瘠甚至缺水的旱坡上，这就要求甘蔗育种向着培育抗旱、耐瘠作用以及宿根性强的品种方向发展。野生近缘种由于长期处于野生状态，经受多种自然灾害和环境的选择，具有抗病、抗虫、抗逆等潜在的有利基因，是甘蔗遗传改良的重要种质资源。引入野生种质基因，拓宽遗传基础已成为甘蔗育种界的共识。　　 本研究主要运用ISSR分子标记方法研究了92份甘蔗野生近缘种材料的遗传多样性，为了解甘蔗野生近缘种间的亲属关系，从DNA水平上对采自全国各地的甘蔗野生近缘种的遗传多样性进行研究。主要研究结果如下：　　 1.对92份甘蔗近缘种材料按照种间、割手密、斑茅三个水平进行了ISSR分析。从26个引物中筛选出13个ISSR引物，44个种间材料的共扩增出261条带，其中多态性为259条，多态性百分率为99％；24个割手密材料14个引物共扩增出227条带，其中多态性为224条，多态性百分率为98.67％；24个斑茅材料14个引物共扩增出210条带，其中多态性为201条，多态性百分率为95.71％。同时研究中发现含（AC）n、（CT）n、（CA）n、（GA）n序列的ISSR引物在甘蔗野生近缘种上扩增的多态性水平较高，说明甘蔗野生近缘种基因组中（AC）n、（CT）n、（CA）n、（GA）n含量丰富。　　 2.44个种间材料的UPGMA聚类的结果表明：ISSR分子标记聚类的结果同形态学的分类基本吻合，在0.805处12个斑茅种样品聚合在一起，在0.775处斑茅和割手密聚合在一起，编号A30、A32采自西藏察隅的蔗茅紧密聚合在一起，芒属、蔗茅属、河八王属之间的关系更近些，在0.73处与甘蔗属聚合在一起。种间的遗传相似系数在0.13-0.71之间。　　 3.24个割手密关系最近的是采自福建的两个样品，最远的是采自印度和江西的样品之间，按照地理位置聚类，结合线在0.70，可以将24个样品分成4个类群，类群的划分基本与地理位置相关，而与生境、海拔等因素则未表现出密切的相关性。割手密材料的遗传相似系数在0.27-0.94之间。　　 4.通过24个斑茅材料之间的聚类树可以看出，在0.77处可分为5大类群，类群1包括来自江西、广东的样品，类群2包括来自海南、湖北的样品，类群3包括来自福建、河南、陕西的样品，类群4包括来自广西、四川的样品，类群5是来自云南的样品。24份材料基本按照地理位置聚合，而与生境、海拔等因素则未表现出密切的相关性，斑茅材料的遗传相似系数在0.30-0.79之间。　　 5.根据实验，在种间水平找出了21条特异带，在割手密的种内水平上找到了38条特异带，斑茅的种内水平找到了44条特异带。