近些年以来,国内众多高等院校在知识经济快速发展的时代要求及国家教育发展规划的引导和驱动下实施绩效改革,进行绩效评估,以期提高办学效率,助力国家经济社会发展。尽管诸多高等院校推行绩效改革和实施绩效评估的实践经验表明,高等院校实施绩效评估有助于改善和提高其管理水平,激发内部活力,带动教职员工积极性等诸多有利之处,但是目前国内关于高等院校绩效评估的相关研究仍处于探索阶段,尚未形成一套较为完整的应用体系作为指导,而致使高等院校的绩效评估实践中面临诸多困境,如过于注重结果考核,推行“以成果论英雄”；学科差异性导致绩效考核指标赋权困难等问题,导致高等院校绩效评价的结果难以得到下属部门及教职员工的认可。针对当前高等院校绩效评价实践中,因传统绩效评价方法自身局限导致绩效评价结果缺乏客观公正性,且无法很好地化解学科差异性因素对绩效评价的影响等问题,首先基于现有研究成果,从人力资源、财力资源、物力资源以及人才培养、社会服务及科研六个方面出发,构建高等院校部门间相对绩效评价指标体系与模型。然后结合调研数据,运用DEA方法以K大学30个部门的部门间相对绩效评价为例进行实证分析,查找引起其中非DEA有效部门相对绩效无效的因素并提出相应改进措施和方案。最后通过与传统绩效评价方法进行对比分析,结果表明,基于DEA构建的高等院校部门间相对绩效评价方法能够很好地排除学科差异性因素影响,克服传统绩效评价方法主观随意性强、有失公平等不足,较好地反映了部门绩效水平。