20世纪九十年代中后期，为适应科教兴国的时代要求，增强高校的教学、科研、产业的综合实力，中国高校经历了资源整合及自身不断扩张的一个过程。同济大学通过并校和自身扩张形成了一校多区的办学模式，并逐步调整为四平路校区和嘉定校区并重的发展模式。学校的预算管理也将从原来的单一校区组织结构模式下的预算管理调整为适合多校区发展的预算管理，目前单一校区的预算管理模式不适应多校区发展的要求，通过比较分析即运用SWOT分析的原理和管理学组织设计理论，对预算管理统一领导、集中管理的模式进行分析，并结合国内外多校区管理的组织的构建和预算管理的办法，得出多校区预算管理应该建立条块结合的组织结构模式，即集权与分权相结合的管理体制。由于预算管理依附于管理的组织结构中，所以多校区预算应构建混合的预算管理体制，即四平路校区预算管理以垂直的职能型管理为主，嘉定校区预算管理以块管理为主，并由四平路校区各职能部门对块的预算进行审核的预算管理方法，并对多校区预算管理的编制原则、方法、控制办法和保障制度，预算执行的分析与考评进行了设计，并强调预算管理应该是财务目标与非财务目标相结合，才能使学校资源发挥最大的效用。 现代管理学家弗里蒙特·H·卡期特指出：“管理的特点就是变革——迅速的、不断的、根本的变革。惟一不变的就是变革。”多校区预算管理是大学发展过程中面临的新课题，目前学校决策层将根据学校发展外部环境和内部管理的需要，提出学院全成本核算的概念，也有的高校在预算管理中提出绩效预算管理模式的办法，这对多校区预算管理都是有益的思考。