自从村民自治在中国的乡村开始实施与不断发展以来，一系列富有中国特色的村民自治制度有效带动了中国政治、经济及文化等领域的发展，同时，村民的民主意识也都有了一定程度的提高。但单纯的村民自治组织由于其规模较小、不稳定的本质会使得村民自治组织在进行运作时产生极大的缺陷，不足以适应新形势下的中国社会发展的客观需求。因此政府要在满足村民自治这一条件下，依据各地的实际情况，对农村进行宏观管理调控，因而形成了以国家行政管制和村民自治共同为核心内容的“乡政村治”这一独具特色的治理模式。在这一背景下，如何处理好政府与村民组织之间的关系就成为了中国基层事业中一个重要的问题。如何解决这一问题对中国基层发展具有重要意义。在中国政府的传统理念的影响下，目前政府对于村民自治的指导力度较低，同时指导过程中存在许多不足。为了探索问题出现的原因，并提出相应的对策加以解决，可以使乡镇政府恰当地对村民自治组织进行指导，提高村民自治组织的管理水平和工作水准，从而更好地为农村指导。因此，本论文对乡镇政府和村民自治组织的关系进行了研究，以丽水市遂昌县的村民自治发展中乡镇政府指导的现状和问题为例，从乡镇政府干预过渡和指导缺失两个方面探索政府指导过程中存在的问题，经过分析发现，指导不当的原因主要包括:上级政府管理与乡镇政府指导的矛盾、“条块关系”导致指导能力缺失、机构设置与人员配备不合理、干部考核制度不够完善、计划生育村规民约等制定及落实不够到位等方面的原因，提出相应的对策，从完善干部考核制度及村规民约、科学监督指导村民自治组织和村干部、落实服务型政府、定期对政府工作人员和村干部进行培训、加强乡镇政府和村民自治组织的交流等角度加以解决，为两者之间找到关系的平衡，并明确村民自治中的政府指导如何进行，更好地指导村民自治在良性的轨道上发展。