改革开放以来,我国农村发生了翻天覆地的变化,广大农民的生活水平也有了显著的提高。然而,在我国经济和政治体制改革取得重大成果的今天,由于在制度发展过程中对公平、正义理念缺乏应有的重视,使中国农村社会经济的发展出现了许多新的问题,突出表现在中国农民主体权益没有得到充分有效地保护。这种情形,使得农民从总体上在社会中处于弱势地位,农民的弱势地位又使其潜力的发挥受到影响,进而影响到整个国家的社会经济发展。在我国进入全面建设小康社会、加快推进社会主义现代化和构建和谐社会的新时期进程中,如何公正地对待农民的权益问题已经成为制约我国社会主义现代化建设的瓶颈,农民权益的现状及其反映出的某些制度缺失问题日益为社会所关注。公平、正义是社会稳定的基石,保障农民权益以体现制度正义是转型期制度发展的一个重要取向。由于在现阶段,保障农民权益问题不仅是农民这一个群体的问题,而且是整个社会主体的问题,维护农民权益就是维护社会其他主体的权益,促进农民的发展就是促进所有人的发展。维护农民权益,促进农民发展也是马克思主义哲学关于人的全面自由发展理论在当下的具体要求。农民权益缺失的制度根源是制度安排的不合理,而制度安排的不合理是由于制度正义的缺失。因此,如何通过正义的制度解决农民的弱势地位,给农民以公正的制度待遇,从而实现制度正义是我国现阶段农民权益保护问题的根本所在。本文首先从农民权益缺失的现状出发,分析了产生农民权益缺失的原因,并认为关键的原因是二元结构的存在以及二元结构下制度安排的不合理;其次,本文对二元结构中现存制度的缺陷和非正义的现象进行了反思,在此基础上对制度、正义和制度正义进行了考察并探讨了制度正义的基本内涵;再次,基于前述问题的研究,本文在马克思主义的制度正义理论指导下,探讨了如何变革城乡二元结构,实现制度创新的问题并提出了维护和实现农民权益的基本路径。这些问题的研究和探讨对实现农民的身份平等,保障农民权益,促进农民发展,全面建设小康社会,构建社会主义和谐社会都具有重要的理论和现实意义。