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木材鉴定对于木材检验检疫、木材流通贸易、木材加工利用、木质文物考古、处理纠纷与刑事案件等工作都具有重要的意义，越来越备受相关单位和有关人员的重视。然而权威的鉴定必须依赖专业部门、人员，通常以传统的木材鉴定手段，解剖切片观察木材的构造以及形态特征从而得出判定结果。由于鉴定者对具体形态特征的主观感受不一样，有时候即使是专业的人员得出的鉴定结果也不完全一致，尤其是形态特征比较相似的木材品种。传统的鉴定方法要求鉴定者具备很高的专业素质，具有丰富的木材特征数据知识储备。但是在种水平上鉴定木材样本依然具有挑战性。DNA条形码技术是通过选取生命体遗传物质DNA中的某一个或多个片段，作为鉴定该物种的唯一标识。作为一种精确地分析鉴定手段，有别于传统的形态解剖学，能从遗传角度鉴别物种。具有独特的优势：鉴定过程快捷便利，适合大量样本的鉴定；稳定且重复性高；标准化实验过程，操作要求简单；具有国际共享数据库提供参考比对。本研究把DNA条形码技术运用于木材鉴定，选择产自海南、广西、广州等地的两种解剖学特性非常相似的珍贵木材品种：降香黄檀(Dalbergia odorifera T. Chen)与多裂黄檀(Dalbergia rimosa Roxb)，为研究对象。通过比较三种方法：改良CTAB法，改良QIAGEN试剂盒法和改良PTB法提取出木材组织DNA，再通过PCR扩增并测序植物条形码联盟推荐的4条DNA条形码候选片段matK, rbcL, trnH-psbA,ITS2，以PCR扩增成功率和测序成功率初步评价候选DNA条形码片段，再分析条形码序列信息进一步评估候选片段，以期筛选出合适的条形码完成本研究，为今后利用DNA条形码鉴定红木和构建红木DNA条形码数据库提供依据。结果发现：改良的PTB法能够有效提取心材部位DNA，所提取的DNA浓度为0.34~3.52ng/μL。改良的CTAB法能有效提取边材部位DNA，提取的DNA浓度达到185.45ng/μL。证实了心材相比边材部位的DNA提取要困难。比较分析4个DNA条形码候选序列，matK在本研究中扩增成功率过低仅为25%；rbcL候选片段PCR扩增和测序成功率分别达到100%和75%；trnH-psbA片段PCR扩增和测序成功率分别达到91.67%和100%；ITS2片段的PCR扩增和测序成功率分别为66.67%和87.5%。 rbcL片段长度为703bp，(G+C)%为42.4%，(A+T)%为57.6%，然而该序列在降香黄檀与多裂黄檀所有样本中没有变异；trnH-psbA片段长度为318-322bp，(A+T)%约为52%，(G+C)%约为48%，降香黄檀与多裂黄檀样本种间遗传距离分别为0.0059和0.0076，种间遗传距离为0.0066，没有形成一个明确的DNAbarcodinggap；ITS2片段长度为482-483bp，(G+C)%约为61%，(A+T)%约为38%，该片段在多裂黄檀样本中的变异为0.007，降香黄檀与多裂黄檀间的遗传距离为0.0119。通过预测ITS2序列的二级结构，发现两物种的二级结构非常相近，反转角度一致，两物种的主要区别在于Helix4上差异。通过ITS2序列构建UPMAG进化树发现两物种在进化树中分为两枝，但是自展支持率都很低。证实了两物种具有相当高的亲缘关系，却又是两个独立的物种。建议把ITS2序列作为鉴定降香黄檀与多裂黄檀的候选条形码。