黄河鲤（Cyprinus carpio haematoperus）是我国黄河流域特有的一种经济鱼类，也是我国历史上四大淡水名鱼之一。近年来，黄河鲤自然资源衰退严重，其养殖品种也已出现生长性状衰退及种质混杂的现象，水产养殖业对黄河鲤优良品种的需求日益紧迫。开展遗传学和基因组学的相关研究对加速黄河鲤优良品种的选育进程及保护黄河鲤种质资源具有重要理论和实践意义。本研究对黄河鲤生长性状进行遗传解析，旨在为黄河鲤分子标记辅助育种(MAS)奠定理论和技术基础。主要研究结果如下:　　利用11个微卫星标记对26个黄河鲤全同胞家系中的417尾黄河鲤较大个体和52尾红鲤表型个体进行亲子鉴定。11个微卫星位点的平均等位基因数、平均观测杂合度Ho、平均期望杂合度He和平均多态信息含量PIC分别为8.2、0.792、0.792和0.76。当置信度为95％时，11个位点的累积排除概率为99.79％。亲子鉴定结果显示:除29尾黄河鲤较大个体以外，388尾黄河鲤较大个体和52尾红鲤表型个体准确地找到了其父母本，实际鉴定率为93.82％。此外，通过比较子代数目大于20尾的黄河鲤家系的生长性状，我们成功鉴定出子代生长性状优良的黄河鲤亲本组合及其家系。同时我们也鉴定出包含隐性红色基因的黄河鲤杂合亲本。以上结果为进一步选育表型和体色纯正且生长快速的黄河鲤新品种提供了理论依据和技术手段。　　利用微卫星标记对4个黄河鲤全同胞家系进行遗传连锁图谱构建和生长性状QTL定位。4个黄河鲤家系的合并图谱共包含602个微卫星标记，分布于50个连锁群，图谱总长度为4，215cM，图谱密度为6.9cM/Marker。基于黄河鲤合并图谱和4个全同胞家系的生长性状（体长、体重和肥满度），我们共检测到53个染色体水平和4个基因组水平的QTL，可解释的遗传变异(PVE)范围为15.0～38.4％。通过对4个全同胞家系的QTL的比较分析，我们发现其中7个QTL在2个家系间共享，1个QTL在3个家系间共享。通过生长相关微卫星标记与斑马鱼和镜鲤基因组的BLAST比对，我们得到11个潜在的生长候选基因，分别为FARP2、MEF2D、FARSA、WBP2N、PAP-2L、GH31、MDP1、SNF-2、GALK、ADAM和Rab-GTPase-TBC domain。　　基于2b-RAD技术对黄河鲤F2家系进行高密度遗传图谱构建和生长性状QTL作图。构建的黄河鲤高密度图谱共包含6，230个SNP标记和65个SSR标记，分布于50个连锁群上，图谱总长度为3，201.9cM，标记间平均距离为0.59cM。本研究共定位到14个生长相关QTL，其中2个体重相关QTL达到了全基因组显著性水平，这14个QTL的PVE范围为11.9～16.2％。与QTL连锁的标记在斑马鱼基因组中共比对到15个候选基因(LOX、NSIG-1、3β-HSD、ATPID、OVCH1、MYO18A、FBXO25、PDSS2、OSBP、STC1、RASSF9、PGI、LTB4R、IRF6和HGF)，其功能主要为参写生长调控、细胞增殖、能量代谢等通路。这些QTL定位信息及候选基因为黄河鲤分子标记辅助育种和遗传改良提供了重要资源。　　鲤载脂蛋白A-Ib基因的2个亚型（apoA-Ib.1和apoA-Ib.2）的特征分析和进化分析结果表明，apoA-I基因在硬骨鱼类中相对比较保守。利用实时定量PCR对鲤apoA-Ib在早期各发育阶段和成鱼组织中的表达模式的分析结果显示，apoA-Ib基因在多细胞期开始表达，视泡期达到最高水平;apoA-Ib基因在肝脏组织中表达量最高，在其它组织中呈现出广泛的表达模式。在2个极端体重组间和生长补偿试验的不同阶段，鲤apoA-Ib基因表现出显著的表达差异。通过序列比对分析，鲤apoA-Ib.1和apoA-Ib.2基因的mRNA序列中分别检测到17个和8个SNP位点，其中2个SNP位点（apoA-Ib.2-g.183A＞T和apoA-Ib.2-g.1753C＞T）在黄河鲤群体和长江鲤群体中均表现出与生长性状的显著关联性。基因表达和关联分析的结果表明，apoA-Ib基因在鲤生长发育调控过程中起重要作用。