基于数据整合方法鉴定心肌梗死相关基因

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心肌梗死(Myocardial Infarction,MI)已成为世界范围导致死亡和残疾的主要疾病之一,寻找MI候选基因可以帮助设计靶向基因的药物,并有效降低疾病的风险。通过全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies,GWAS)发现了很多与MI相关联的疾病易感位点和区域,但GWAS只能识别遗传变异和性状之间的关联,区分这些基因座中功能最相关的基因仍然具有挑战性。本研究通过整合几个大型研究数据(表达数量性状基因座(expression Quantitative Trait Loci,eQTL)汇总数据、甲基化数量性状基因座(methylation Quantitative Trait Loci,mQTL)汇总数据,基因表达数据和MI GWAS汇总数据)来鉴定MI的潜在遗传变异。基于汇总数据的孟德尔随机化(Summary-data-based Mendelian Randomization,SMR)方法将GWAS汇总数据与eQTL汇总数据及mQTL汇总数据整合,我们新鉴定了4个与MI因果关联的基因(TMEM116,FES,FURIN,RP11-378J18.8)和验证了2个先前发现的基因(NBEAL1,PHACTR1);发现7个与MI因果相关的DNA甲基化位点(PHACTR1的cg03951877,SH2B3的cg26359133,FURIN的cg05469396,FES的cg04510874和cg06330618,VAC14的cg09615821和cg27076536)。我们在基因表达研究中比较了上述6个基因的mRNA表达信号,发现其中4个基因(TMEM116,FES,FURIN,PHACTR1)在MI和对照组中表达差异(adj.P.Val<0.05)。基于加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)方法对包含593个已知MI易感基因和SMR鉴定到的TMEM116、FES和FURIN构成的基因数据集构建共表达网络,发现FURIN基因与7个已经被鉴定到与MI相关的基因共表达,包括LTA、NFKBIL1、BAT1、PHACTR1、DYDC1、HNRNPM和DENND4A。蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络分析发现FES和FURIN与已知MI相关的蛋白(JAK1,JAK3,IL4R,KIT,PIK3R1,MMP14,TGFB1,NOTCH1,NGF和BACE1)存在相互作用。使用Cytoscape软件中的插件MCODE构建MI相关模块基因PPI子网络,从复杂的蛋白质网络中挖掘出包含FURIN的蛋白功能模块,发现该PPI子网络总共包括7个基因,分别为FURIN、AMAMTS20、ADAMTS4、COCH、OTOF、PCDH15和TMC2。本研究提供了TMEM116、FES和FURIN在MI病因中的重要作用的新证据,FURIN可能通过与已知基因的相互作用影响MI的发生,为后续功能研究阐明TMEM116、FES和FURIN基因在MI病理中的作用提供理论依据。
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