节节麦基因组数据平台的构建

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本文主要的任务是构建节节麦基因组数据平台。节节麦基因组通过Solexa测序技术得到短序列片段的集合。本文采用改进的重叠群构建算法(BCA)把这些基因组短序列组装成重叠群。BCA算法采用的组装策略是先比对再组装的策略。重叠群的构建主要分成三个步骤,首先采用Burrows-Wheeler transform算法和FM-index算法把基因组短序列与参考序列压缩后再进行比对,达到初步组装的目的,然后通过筛选程序将质量值较低的序列去除掉,以免污染最后的运行结果,最后用筛选后的序列片段作为输入文件,通过CAP3组装的方法构建重叠群。实验证明,BCA算法构建的重叠群无论是在片段的长度还是准确度上,都有较为明显的优势,并且BCA算法的组装时间较短且支持并行运算,可以快速地完成节节麦基因组重叠群的构建过程。然后利用该算法构建的重叠群进行进一步的处理和分析过程,再把重叠群组装和处理得到的相关数据作为基因组数据平台的基础数据。节节麦基因组数据平台(AGDB)的开发主要是用JSP、Perl和Java等技术,是基于B/S架构的基因组数据平台。AGDB平台实现的主要功能包括:对于scaffold、蛋白质信息等搜索的功能,转录因子、小分子RNA和R基因等基本信息的展示功能,GBrowse可视化展示。此外,还提供相关序列和注释信息的FTP下载,BLAST比较等常用的功能。节节麦基因组数据平台的建立为分子生物学的小麦基因组研究的深入和普通小麦的育种工作提供了必要的平台。
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