农业项目对促进农业和农村经济发展，在强化农业基础设施、推进农业产业化进程、调整农业结构和增加农民收入等方面发挥着不可替代的作用。但是通过对农业项目资金投入机制和资金管理的理论和实证研究，从中发现农业项目设计、执行及后期管理过程中存在诸多的问题。如何以产业链为载体，整合各类农业专项资金，创新农业项目投入机制和资金管理模式，通过发挥农业专项资金支持的导向作用，进一步建立农业投入的激励机制，积极引导和带动全社会对农业的投入，有效提高农业项目资金管理水平，对今后农业项目建设的理论研究和实践操作有重要的意义。本文查阅了许多农业项目投入机制和资金管理的国内外研究资料，了解了我国农业项目投资的现状，跟踪收集了农业项目投入和资金管理的研究动态，以会计学、审计学以及制度经济学等理论为基础，以安徽省农业投资项目的研究为出发点，总结经验和教训，对创新农业项目资金投入机制、完善资金管理提出建议，形成了论文的整体研究思路。首先，对农业项目的相关理论研究和我国的农业项目发展进行了回顾，引入了相关内部控制、可持续发展、项目管理等理论和农业项目绩效评价的概念，阐述了这些理论基础在农业项目中的应用。运用实地访谈、电话访问等方法调研安徽省农业项目资金投入和资金管理的现状，并对调研结果深入分析存在的问题，这对创新农业项目资金投入机制和资金管理模式势在必行，具有重要的理论和实践意义。然后将这些问题进行归纳总结，对创新农业项目资金投入机制、完善资金管理提出建议，将农业项目资金管理的内部控制、资金安全及各类农业专项资金的整合、农业项目管理成本等内容纳入研究。最后，以安徽省为例，调研安徽省典型县乡的沼气项目资金投入和管理创新的案例研究，并对其资金投入和资金管理的现状，分析存在的问题并挖掘其原因。在理论和案例的分析之后，对本文做出了总结和展望。