跨国工程项目是推动国家间互联互通,促进国际经济合作与发展的重要载体。跨国工程项目涉及来自不同国家的参与主体,面临复杂波动的制度环境,能否顺利实施的一个关键影响因素是项目决策阶段参与主体所选择的合作模式,即选择合适的跨国工程项目的组织结构设计形式。据此,本研究旨在探讨制度环境因素对跨国工程项目组织结构设计的影响。本研究选取跨国油气管道行业作为实证数据来源,通过相关行业企业门户网站数据挖掘,并构建全球跨国油气管道项目数据集。本研究利用逻辑回归的方法分析数据、检验假设。研究结果表明,项目过境地区正式制度质量较差、制度差异较大时,应采取分段治理项目运作模式以降低多重制度缺陷和差异带来的项目复杂性。针对主导企业是否应占有各东道国境内项目分段的项目公司所有权这一层次,当东道国经济制度质量较低,主导企业应尽量减少其在项目公司的所有权;当东道国政治制度质量较低时,主导企业应选择将该国境内项目段的开发任务交由当地公司负责,且不建议主导公司占有对应项目公司的所有权;当东道国与主导企业本国的制度差异较大时,主导企业应优先考虑与当地企业合作形成合资公司,以混合型项目公司共同开发该国项目段。本研究基于组织设计经典理论,提出了以项目和单国境内分段两个层次分析跨国工程项目组织,并总结了四类跨国工程组织结构。其次,本研究基于制度经济学中正式制度环境因素分析框架,明确了经济制度质量、政治制度质量和正式制度差异对前期决策阶段跨国工程项目组织策略的影响。研究结论可以指导参与到跨国工程的项目决策者依据项目所处制度环境质量和差异的特点来设计各级项目公司和项目的整体运作模式,从而应对制度环境所带来的挑战,以顺利开发、建设和运营跨越复杂制度环境中的工程项目。