青枯菌fadP基因功能及噬菌体P2Tb1556基因组学分析

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:luochaojie123456
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茄科劳尔氏细菌(Ralstonia solanacearum,简称青枯菌)是一种世界性重要植物病原细菌,广泛存在于水体、土壤和非植物寄主中,且寄主范围广,能侵染包括茄科植物在内的50多个科的400多种植物,引起植物的青枯病,在热带和亚热带地区造成毁灭性的危害,目前尚未有理想的防治药剂,因此,研究青枯菌并探索青枯病防治的新途径,具有重要科学意义。本论文首先对青枯菌Tm1401菌株的fadP基因进行克隆及生物信息学分析;采用同源重组双交换法,构建了fadP基因缺失突变株及其互补菌株,并通过致病力及相关基础生物学特性的测定,明确fadP基因在青枯菌致病过程中的作用。根据Tm1401菌株的全基因组序列信息,分析fadP基因的结构,结果显示,该基因大小为591 bp,共编码196个氨基酸,与FQY4、YC45和GMI1000菌株的核酸序列具有99%的相似性。蛋白结构模拟结果表明,Tm1401菌株FadP蛋白的三级结构为同型二聚体。表型测定结果表明,fadP基因缺失突变体ΔfadP与野生菌相比,其生长速率下降,运动性变弱,明显降低了在番茄上的致病力,产生纤维素酶能力下降,四环素抗性能力增强,但胞外多糖的产生和烟草上的HR反应没有显著差异。为了进一步明确fadP所调控的下游基因,采用Illumina技术测序平台,对Tm1401和突变体ΔfadP进行转录组测序,并比较它们之间基因转录水平的差异,测序结果显示,fadP基因敲除菌株ΔfadP共有848个基因发生了转录丰度改变(FDR≤0.001,|log2Ratio|≥1),其中505个基因上调,343个基因的转录受到抑制。同时,对其差异基因进行了GO聚类分析和KEGG聚类分析,结果发现,这些差异基因涉及生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)、分子功能(molecular function)、代谢通路(metabolic pathways)、生物合成的次级代谢(biosynthesis of secondary metabolites)和双组分系统(two-component system)等途径。噬菌体是侵染细菌的病毒,在自然界中广泛存在,并且被认为是生物圈中数量最多的。本论文中,对一株裂解自青枯菌的噬菌体P2Tb1556进行了分离鉴定和基因组学分析。结果表明:噬菌体P2Tb1556属于有尾噬菌体目(Caudovirales)肌尾噬菌体科(Myoviridae),是双链DNA,基因组大于46,508 bp,GC含量为62.329%,基因总数量为65个,有24个基因没有比对上,有24个基因比对上多个伯克氏菌属的噬菌体基因组的ORF框,在基因组中没有tRNA,有2个可能的不依赖ρ-因子的转录终止子,69个可能启动子,可能没有CpG岛。
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