《联合国海洋法公约》生效以来,各国愈加重视海洋权益的维护,创制海洋基本法来规范海洋管理,统一海上执法体制以强化海上执法力量也成为了一种世界潮流。在经济增速放缓的总体趋势下,海洋成为了21世纪我国经济发展新的引擎,同时也成为提高国际影响力的重要依托。十八大提出“建设海洋强国”,从国家战略的高度表明了我国对海洋发展的重视。在这样的时代背景和政策支持下。2013年3月14日,第12届全国人大一次会议通过了《国务院机构改革和职能转变方案》,决定重新组建国家海洋局。在海上行政执法领域,呈现出国家海洋局与海事局共同执法的“二元格局”,这为加强两者的执法合作带来了契机。当前在海上执法领域,海洋局和海事局的行政执法合作还存在诸多问题,因此,研究两者执法合作中的法律问题,完善我国海上执法合作就成为了一个重要的课题。本文以2013年国务院机构改革为背景,结合我国海上行政执法合作的实践,以国家海洋局和海事局的执法合作为视角,对我国海上行政执法合作的法律问题进行分析并提出相应的完善建议。本文共分四部分进行阐述：第一部分,笔者首先介绍了海上行政执法的概念和特点,从研究的需要出发界定区分了海洋行政执法和海事行政执法,介绍其在实践中的情形,并论述海上行政执法合作的有关理论和机构改革带来的合作契机。第二部分,以重组后的国家海洋局和海事局海上行政执法合作现状为研究重点,主要说明两者的职权基础和合作现状。第三部分,归纳分析海上行政执法合作中存在的困境。第四部分,针对第三部分中提出的法律问题,从完善立法、规范合作机制、提高执法人员合作效率的角度提出具体的完善建议。