基于GWAS和复杂网络的糖尿病肾病与lncRNA的关联性研究

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目的:分析长链非编码RNA(lncRNA)与糖尿病肾病(DN)间的关联关系,为揭示糖尿病肾病的发病机制及为其治疗提供线索。方法:1、动物实验。建立2型糖尿病肾病的C57BL/6J小鼠模型,进行生化检测:对收集到的血、尿样本进行血糖、蛋白尿、尿肌酐等生化指标进行检测。再进行病理检测:采用苏木素-伊红(H&E)和马松(Masson)对组织切片进行染色,观察肾脏组织变化。后续测序分析正在进行中。2、对与DN相关lncRNA的GWAS数据进行meta分析。搜索NCBI与GWAS Catalog数据库,将搜索到的GWAS数据进行meta分析。3、基于GEO数据库,挖掘与DN相关lncRNA数据。搜索GEO数据库,获得与糖尿病肾病相关的lncRNA高通量测序原始数据,通过chip-seq,RNA-seq及lncRNA分析流程对其进行数据挖掘,找到差异表达基因及其参与的生物学过程与调控通路。4、建立DN—lncRNA网络,找出与DN关联性较强的lncRNA。运用数据挖掘所得到的lncRNA表达矩阵构建网络,使用Pajek对其进行可视化,挖掘出与DN关联性较强的关键lnc RNA。结果:通过数据挖掘得到了差异表达基因影响的生物学机制与通路。构建了DN—lncRNA网络,确定了两个与DN关联紧密的lncRNA:NONMMUG000513和NONMMUG008364。讨论:后续可通过生物学实验与对所得结果,特别是lncRNA及其生物学机制、通路进行深入研究,为揭示糖尿病肾病的发病机制及为其治疗提供新的线索和思路。
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