近年来,随着我国发布了一系列的医改新政策,促进医药行业发展的同时也大大增加了医药行业生存发展的挑战性,新兴的医药研发外包行业作为医药行业中重要的一环也不例外。X医药研发外包公司（以下简称X公司）在严峻的市场环境以及政策压力下,面临着项目成本控制措施选取不恰当,项目成本居高不下,利润水平明显下降等问题。这都预示着X公司有必要采取更科学的成本控制方法,降低项目成本耗费,提升企业的市场竞争力。本文在回顾了相关研究的基础上,根据X公司项目成本控制中存在的问题,采取案例研究法及对比分析法,以作业成本法理论和项目临床研究业务流程为依据设立作业中心,找到与之对应的资源成本动因和作业成本动因,构建了项目成本预算、项目成本核算及项目成本考核三个关键环节的项目成本控制体系。随后将该成本控制体系在X公司中进行实际应用,并提出相关保障措施以保障该体系能够有效落实。基于作业成本法建立的项目成本控制体系可解决X公司项目成本控制中存在的诸多问题。在项目成本预算环节通过分解作业链分析作业,可帮助X公司形成更优的项目时间安排及人员配置方案,确保每一个项目在实际执行时能以较少的项目人员高效率地完成项目研发并出具高质量的项目总结报告;以作业成本法核算出的项目成本数据能更准确地还原项目真实成本,同时能够更加明确造成项目成本过高的主要责任中心,并可以此为项目成本控制的关键点;核算出准确的项目成本信息有助于X公司管理层判断所承接项目研发业务收费的合理性,在兼具项目盈利性的同时设定合理的项目成本控制目标,进而实现有效的项目成本控制目标,实现企业长期稳定发展。