农民专业合作社是建立在资源民主管理的基础上的。作为一种现代化的、新型的经营主体方式,在现代化农业发展中有着极其重要的地位,同时也对农民的收入增加增长有一定的作用。近年来,国家出台了一系列扶持合作社的政策,使得合作社数量快速增长。发展速度快但质量上却存在诸多问题,诸多合作社运营不规范,管理不到位,成员异质性明显、服务体制不够健全,还需要进一步加强和加强引导和支持,引导其规范化发展。治理结构作为影响合作治理程度的重要因素,自然成为研究的焦点。阿拉尔市坐落于祖国西北边陲塔克拉玛干沙漠边缘的新疆生产建设兵团第一师,这里以农为主,盛产大枣、核桃、棉花等作物。2007年,中国第一部农民专业合作社法颁布,2009年咸海市开始登记成立农民专业合作社。从此,这种新型的农民组织正式出现在咸城的历史舞台上。在《合作社法》的支持下,农民专业合作社数量快速增长,但经营不规范、管理水平滞后等质量问题突出,许多合作社发展不尽如人意。作为合作社的主要生命力,其治理结构必然成为最棘手的问题。本文采用文献阅读的方法查阅大量的相关文献掌握合作社的基本知识和理论,通过实地问卷调查和访谈了解农民的基本发展的专业合作社阿拉巴马州和治理,随机选择从24阿拉巴马州进行深入研究农民专业合作社为样本合作社合作治理结构,主要包括会员代表大会、理事会、监事会和经理层的设置和运行情况以及会员权益维护情况。利用案例分析法选取四家当地发展较好、有影响力的合作社作为具体案例深入分析合作社的治理情况。研究发现:阿拉尔市农民专业合作社“内部人控制”现象严重、治理机制不完善、普通社员参与合作社集体事务意识薄弱、民主决策被核心成员决策所代替等问题。结合根本原因来分析,其实一个很重要的原因还是合作社盈利能力不足,不足以引起社员对于合作社治理参与的兴趣。另外还有社员对于合作社知识理解不足等。对此建议阿拉尔市的农民专业合作社应当提高理事会的决策机制,加强监督机制的建设,完善社员(代表)大会制度,提高合作社的激励机制。