本文首先对新农合制度进行详细的介绍，包括新农合制度产生的背景、新农合的演变过程，以及通过对比研究，探讨新型农村合作医疗制度与传统农村合作医疗的不同点，突出新农合制度的好处和优势，同时还分析新农合制度自启动以来每年的发展情况，分析新农合在发展过程中存在的问题，为下文研究该制度的机理提供现实参考依据。接着，本文研究新农合制度中政府补贴合同优化设计，通过构造政府、新农合基金管理机构、农民这三大主体的委托代理模型，利用数学方法，得到新农村合作医疗保险制度中最优的参合费用、最优政府补贴金额以及农民患病后所获报销比例的理论最优值。探讨在政府财政预算之内，在保障新农村合作医疗保险制度持续发展的前提下，如何吸引更多的农民参合。本文通过分析得到在某些条件下，新农合基金管理机构会套取新农合基金，骗取政府的财政补贴，导致没有农民愿意参与新农合。在这种情况下，为了让农民信任并且真正从新农合制度中受益，政府必须采取一些措施来监管和规范新农合基金管理机构的行为。最后，本文研究新农合定点医疗机构的选择策略，探讨在两类医疗服务水平不同的医院中如何选择定点医疗机构能使得看病的参合患者达到最多。文章的最后通过数值试验说明：选择三甲医院作为定点医疗机构时，看病的总人数比选择社区医院作为定点医疗机构时看病的总人数多，而且两种情况下看病总人数的差值随着报销比例的增大而增大。通过分析两种情况下政府的预算还得到，当参合患者对三甲医院医疗服务水平的感知价值非常接近对社区医院医疗服务水平的感知价值时，政府对定点医疗医院的选择存在一个最优策略。该策略是，选择医疗服务水平比较高的三甲医院作为定点医疗机构，能在保证看病人数最多的基础上，实现政府预算的最小化。