广东水稻潜根属线虫种类鉴定和水稻潜根线虫LAMP检测方法

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水稻根际潜根线虫在稻区普遍存在,其危害具有隐蔽性,且存在不同种类混合寄生现象。水稻是广东最主要的粮食作物,但目前对于广东省水稻根际潜根线虫的种类及其混合寄生性尚未有系统的研究报道。本文通过对广东广州增城、华南农业大学农场(简称华农农场)、清远、阳江、江门和肇庆6个地点的水稻田进行样品采集,利用形态学和单条线虫PCR鉴定的方法对所分离的潜根线虫进行种类鉴定,构建潜根属线虫系统发育树,分析不同采样地点混合寄生种类的分布,并研究建立对水稻潜根线虫进行LAMP检测鉴定的方法,具体研究结果如下。1、根据形态学特征,鉴定描述了9种潜根属线虫:网格潜根线虫Hirschmanniella areolata、贝宁潜根线虫H.behningi、野生稻潜根线虫H.anchoryzae、尾刻痕潜根线虫H.caudacrena、分离潜根线虫H.diversa、刻痕潜根线虫H.orycrena、水稻潜根线虫H.oryzae、小结潜根线虫H.microtyla和尖突潜根线虫H.mucronata,其中前2种为中国新记录种,前6种为广东省新记录种,后3种为广东省已有记录种。2、获得水稻潜根线虫和尖突潜根线虫的ITS和28S D2-D3扩展区序列,并基于获得和已经保存在GenBank数据中所有潜根线虫的相关序列,构建了系统发育树。3、明确了所调查6个地点潜根属线虫混合寄生的种类,同一田块最多可以发现7种潜根线虫,但同一稻株根际一般只有23种潜根线虫,其中水稻潜根线虫为优势种。4、通过比较Genbank中潜根属线虫相关序列,以水稻潜根线虫ITS-rDNA序列为靶标设计LAMP特异性引物,用琼脂凝胶电泳法和SYBR Green I染色法筛选合适的引物和扩增条件,建立了优化的水稻潜根线虫LAMP检测方法,其最优条件为:扩增温度为57℃,反应时间为45 min,dNTPs浓度为1.4 mmol/L,MgSO4浓度为7mmol/L。本文明确了广东水稻根际潜根属线虫种类的多样性及其混合寄生现象,建立了水稻潜根线虫的LAMP快速鉴定方法,这对掌握广东省水稻根际潜根属线虫的发生危害和制定合理的防控措施具有重要意义。
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