为了研究脊椎动物脂蛋白脂酶（lipoprotein lipase，LPL）、肝脂酶（hepatic lipase，HL）基因结构与功能关系及其分子进化关系，我们克隆了文昌鱼（Amphioxus）、中华鲟（Chinese sturgeon）、鲢鱼（Silver carp）、鳙鱼（Bighead carp）、草鱼（Grass carp）、罗非鱼（Tilapia）和鳜鱼（Chinese perch）LPL基因cDNA核心序列；克隆了中华鲟、鲢鱼、鳙鱼、草鱼、罗非鱼和鳜鱼HL基因cDNA核心序列；通过RACE法克隆鳜鱼LPL、HL基因cDNA全序列，并推测得到其相应氨基酸序列。将我们克隆得到的文昌鱼LPL及硬骨鱼类LPL、HL氨基酸序列与其它物种相应的氨基酸序列分别进行同源性比较，并与已知的脊椎动物内皮脂酶（endothelial lipase，EL）和胰脂酶（pancreatic lipase，PL）氨基酸序列一起构建系统进化树。从血液提取鳜鱼总DNA并构建基因组文库，克隆鳜鱼LPL、HL基因5′-侧翼区序列，并分析其顺式调控元件。结果表明，在原始的头索动物文昌鱼中只克隆得到LPL基因cDNA核心序列而没有发现HL基因，在硬骨鱼中华鲟及真骨鱼类鲢鱼、鳙鱼、草鱼、罗非鱼和鳜鱼中均同时克隆得到了LPL和HL两种基因cDNA核心序列。进一步比较硬骨鱼类、真骨鱼类与哺乳动物LPL和HL氨基酸序列同源性发现，在原始的硬骨鱼类中华鲟中，其LPL与HL基因同源性更高，在更为进化的真骨鱼类鲢鱼、鳙鱼、草鱼、鳜鱼和哺乳动物人中，其LPL与HL同源性依次降低。由此我们认为，这两种基因从原始的头索动物以后即开始在低等脊椎动物中进行分化，HL基因可能是由原始的LPL基因加倍后进化而来。最后通过RT-PCR，以β-肌动蛋白为外参照，研究鳜鱼不同组织LPL和HL基因的表达水平。与易患动脉粥样硬化的人类不同，鳜鱼LPL基因在所有被检测组织中均有表达：在脂肪组织中大量表达，其次是肝脏、脑、肠道、肌肉，在脾中表达量最低；而鳜鱼HL基因的表达则与人类相似，只在肝脏中表达。本文对鱼类LPL、HL基因结构与组织特异性表达的研究将为深入探讨机体脂代谢调节机制以及LPL、HL在防治动脉粥样硬化中的作用奠定良好基础。