相互信任原则和基本权利保护都是欧盟基本法框架中的基础性原则,处于同样的法律效力位阶。二者在自由、安全与司法领域的建设过程中产生了频繁而尖锐的冲突,因为相互信任原则要求,一个成员国合法做出的行政与司法决定,应在其他成员国得到自动承认与执行,相互信任的基础在于欧盟认为,成员国都有着共同的民主体制和宪法传统,应当信任彼此的法律体系和司法制度。然而保护基本权利也是经《欧洲联盟基本权利宪章》确认的欧盟根本价值和重要目标,当包括欧洲逮捕令在内的欧盟政策与法令在执行过程中出现了侵害基本权利的切实危险,继续执行无疑既有违欧盟法的价值,也为成员国带来违反本国宪法的风险。观察欧洲法院和欧洲人权法院的判例可以发现,在自由、安全与司法领域,基本权利的各个方面都会遭到相互信任原则的挑战,包括:不受非人道和有辱人格待遇权、人身自由权、获得公平审判权、庇护权、个人和家庭生活受尊重权、以及个人数据权与隐私权等等。相互信任原则的绝对性使得这类侵害基本权利的行政决定和司法判决仍须得到执行,基本权利的救济空间被不断压缩。2016年,欧洲法院对Aranyosi案的判决改变了相互信任原则的绝对性,暂时缓解了相互信任原则与基本权利保护之间的矛盾。但判决仍存在证明标准过高、对相对性基本权利保护留下空白的问题。此外,欧盟根据相互信任原则建立的泛欧个人数据收集网络对个人数据和隐私权带来的威胁也日益凸显。相互信任原则与基本权利保护产生冲突的根本原因是欧盟内在结构中固有的民主赤字问题;同时,欧盟法内部也存在着不协调因素:成员国多重法律义务之间的矛盾,以及法律法规对相互信任原则的范围、强度规定不一致的问题;此外,由于相互信任原则在自由、安全与司法领域中的贯彻在很大程度上是基于政治妥协,成员国之间的法律体系、宪法传统、司法发展状况均有不同程度的差异,因此缺乏现实的“信任”基础。缓解二者间冲突的可行措施包括,首先,通过促进公民参与和欧洲议会的立法能动性,减少民主赤字;其次,应当继续推动欧盟法建立统一的程序性权利保障标准;再者,完善成员国间司法信息交换的程序规则,明确民事司法合作中执行豁免事由的证明标准等其他措施也能在事实上起到作用,更重要的是,应当避免对欧盟法规则作过度僵化的解释,而为欧盟进一步建立基本权利保障规则、以及人权法规范的介入保留空间。