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本试验参考禽呼肠孤病毒S1133株L1基因序列(GenBank),禽呼肠孤病毒1733株L3基因序列(GenBank)分别设计3对特异性引物,以禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98株和天津分离株T-98株提取的总RNA为模板,采用RT-PCR方法分别扩增L1基因和L3基因的cDNA ,获得的cDNA连接到PMD19-T载体中,并进行克隆,经PCR和限制性内切酶切鉴定后的阳性重组质粒送宝生物(大连)有限公司进行测序,对测定的序列进行拼接,结果显示:L1基因cDNA全长3959bp,包含一个由3882bp组成的完整开放阅读框,共编码1293个氨基酸,且在5′端和3′端分别有21bp和56bp组成的非编码区;L3基因cDNA全长3907bp,包含一个由3858bp组成的完整开放阅读框,共编码1285个氨基酸,在5′端和3′端分别有12bp和37bp组成的非编码区,且序列已递交于GenBank数据库中,登录号分别为C-98(L1基因:EU616735;L3基因:EU616737);T-98(L1基因:EU616739;L3基因:EU616738)。序列同源性比较分析结果表明:C-98与T-98在L1和L3基因核苷酸及其推导的氨基酸都有着很高的同源性,为99.8%,99.9%;C-98和T-98与其它12株禽呼肠孤病毒分离株相比较,L1基因核苷酸同源性在85.4%～99.8%,推导的氨基酸序列同源性在96.4%～99.8%;L3基因核苷酸同源性在72.6%～99.9%,推导的氨基酸序列同源性在83.1%～99.8%。C-98和T-98 L1基因与3株哺乳动物呼肠孤病毒分离株L3基因核苷酸同源性在43.9%～44.5%,其推导的氨基酸序列同源性在43.0%～43.2%;C-98和T-98 L3基因与3株哺乳动物呼肠孤病毒L2基因核苷酸同源性在4.7%～5.0%,其推导的氨基酸序列同源性在26.6%～27.4%。进化树分析显示:L1基因分出4个不同的谱系,L3基因分出3个不同的谱系,且各谱系之间与致病性、血清型和分离地区没有相关性,但是C-98、T-98、S1133、1733、2408、919和T6始终在L1基因和L3基因进化树的同一个谱系中。氨基酸序列分析表明:C-98和T-98及12株参考毒株在L1基因靠近N末端有一个独特的亲水区,位于1aa～110aa,在亲水区内还存在一个可变区,位于19aa～51aa,在肽链的182aa～202aa位存在一个锌指结构基序C2H2;L3基因在169aa与188aa位点有鸟苷酸转移酶(即加帽酶)所必需的赖氨酸(Lys)残基,822aa-830aa具有SAM(S-腺苷-L-甲硫氨酸)结合位点,379aa-386aa存在ATP/GTP结合基序A。