HIS系统多年来广泛使用产生了大量的信息存放于数据库中。“数据丰富，知识贫乏”形象生动的描绘医疗卫生系统对数据的使用状况。发掘医疗数据中蕴含的知识，成了目前医院管理者的迫切需要。本论文对国内外HIS系统和数据挖掘情况进行了分析，根据实际情况提出课题研究目的和意义。本文以“医疗费用数据挖掘”系统的开发为目的，采用了C/S架构，运用功能强大的SQL Server2008R2作为数据仓库，较为成熟的Powerbuilder9.0作为开发工具，设计并实现了一个有较强实用性的应用程序。系统的主要内容包括：患者费用构成分析模块，分析门急诊和住院患者的费用构成情况；业务收入对比分析模块，用于相同科室或整个医院同期费用比对和不同科室间收入比对；成本效益分析模块，实现了医院整体和具体科室的成本效益分析；系统管理，添加删除用户，设定权限，修改密码。本文实现了对HIS系统数据更高要求的查看与分析，满足了医院管理者和财务相关人员的需求，更好的为医疗卫生行业服务。