捻转血矛线虫病是畜群中流行较为广泛的寄生虫病。该病主要由寄生于牛、羊等反刍动物真胃及小肠的捻转血矛线虫引起。此病在世界范围内均有发生,常造成放牧动物贫血、水肿、衰弱和消化紊乱,对畜牧业造成巨大经济损失。目前,捻转血矛线虫病的防控仍然以抗蠕虫类的药物治疗为主要形式,且频繁用药有可能使得抗药性虫株产生与扩散。因此,发现捻转血矛线虫的抗药标记分子、探索其抗药机制,对于合理用药和新药物开发具有重要的指导意义。而抗药性的研究与种群遗传多样性有着密切关系。已有研究显示,线虫种群的遗传多样性明显受地理隔离影响,加之我国放牧动物呈现流动性加强的趋势,因此,研究捻转血矛线虫的种群遗传多样性,将大大有利于揭示其种群遗传差异和指导抗药性相关研究。目前对于捻转血矛线虫种群遗传学和抗药性标记位点的研究,主要是通过单个特征性标记位点实现的,包括微卫星、线粒体基因及核糖体基因等。而这些方法都需要极大的样本数目和多次重复实验来完成,且存在一定的稳定性误差。更为重要的是虫体抗药性的产生往往涉及多基因多性状的适应和变化,因此,如何同时发现虫体的上述多基因变异特征,成为研究者们关注的前沿和亟待解决的难题。近年来,随着下一代测序技术(next-generation sequencing)的发展,为研究者们提供了在基因组范围内探索多基因复杂性状的有力工具。因此,本研究首次采用高通量测序的方法,在全基因组范围内对捻转血矛线虫的单核苷酸多态性(SNP)进行评估,并通过核苷酸差异位点变化来研究种群的遗传多样性及筛选抗药性相关基因或标记分子,旨在为深入探索捻转血矛线虫种群基因组学(population genomics)和发现抗药性标志分子提供基础资料。通过基于SNP的方法,选取中国湖北、内蒙、西藏和四川的现场虫株以及英国的抗药虫株、澳大利亚的标准虫株为研究对象,通过第二代测序技术2b-RAD对不同种群虫株进行测序,获得不同种群的SNP位点,通过比较不同地区或不同株系捻转血矛线虫的SNP数据,分析这些实验虫株的种群遗传多样性特征,发现抗伊维菌素虫株P-糖蛋白基因的抗药性相关位点。结果表明:种群内部存在较低程度的遗传分化;中国地区4个现场株种群间处于中等遗传分化程度,中国地区4个现场株种群、澳大利亚标准株种群及英国抗药株种群之间处于较大的遗传分化程度。说明不同国家地理起源的种群,由于受地理隔离的影响,遗传分化水平较高;而我国国内的不同地理株种群,由于地理隔离水平受限,遗传分化水平适中;且西藏种群由于特殊的地理、气候条件,与其他国内株的遗传差异水平略高。同时,通过基于对敏感虫株种群和抗药虫株种群的SNP抗药标记位点的筛选研究,找到了与抗伊维菌素相关的两个标记位点,一个为P-糖蛋白基因的SNP标记位点(该位点在基因组上的位置为,scaffold HF967529.1,NO.84514,位于P-糖蛋白基因的内含子区域),碱基突变类型为由胞嘧啶(C)突变为腺嘌呤(A);另一个为与P-糖蛋白基因同一片段上的,位于P-糖蛋白基因附近的SNP位点,碱基突变类型为胸腺嘧啶(T)突变为胞嘧啶(C)。本研究为在全基因组范围内深入探索捻转血矛线虫群体基本遗传结构特征及筛选抗药性标志分子等提供了基础数据。