企业的良好运行和可持续发展离不开有效的内部控制,而存在严重缺陷的内部控制则可能导致企业破产。内部控制是审计师初步评价企业的重要内容,其是否存在重大缺陷与审计风险和审计收费密切相关。国内外关于内部控制缺陷与审计收费的研究还存在分歧,内部控制缺陷严重程度是否影响审计收费,以及内部控制缺陷的整改是否会降低审计收费还有待进一步探讨。本文首先对内部控制缺陷与审计收费的研究文献进行回顾,随后基于成本理论和风险理论,对内部控制缺陷影响审计收费的机理进行详细的分析。本文选取2009~2014年沪深A股上市公司为研究对象,运用Stata12.0进行统计检验。实证结果表明,上市公司内部控制缺陷对审计收费有显著的正向影响作用,即审计师会向内部控制存在缺陷的上市公司收取较高的审计费用;内部控制存在的缺陷按照是否被出具非标准审计意见和是否违规处罚划分为重大缺陷和非重大缺陷,研究表明重大缺陷与审计收费在1%的水平上显著正相关,即内部控制缺陷越严重,审计收费越高;内部控制缺陷按照整改程度划分为全部整改、部分整改和未整改,研究发现缺陷整改对审计收费的影响系数为正,且在0.01水平上显著,表明内部控制缺陷的整改并不会降低审计收费。本文的新颖之处有三点,一是样本范围的选择上,如果上市公司当年未披露内部控制自我评价报告,即未披露内部控制信息则视同内部控制存在缺陷,而不是将其排除在样本之外;二是内部控制缺陷整改的认定上,由以往研究的已整改和未整改两分法细分为全部整改、部分整改和未整改三部分;三是在内部控制缺陷整改与审计收费的关系上,本文的研究结果与国内大多数学者的研究结论不同,对二者之间的关系提供了新的解释。基于上述研究结论,本文最后一部分从不同层面提出相关的政策建议。