食醋的发酵是一个多菌种的混合发酵过程。在醋酸发酵阶段,虽是以醋酸菌为主体,完成乙醇氧化为乙酸的过程,但醋醅中还存有其它的微生物在发挥着作用。在分离选育醋酸菌时,若对选定平板上的细菌菌落进行系统分析,了解醋酸发酵阶段细菌的组成概况,有助于在分子水平上了解不同产地成品醋口味的差异。但目前国内对醋醅中细菌组成的研究还不多。　　 本试验采用溴甲酚紫显色平板分别对陕西醋醅样本和镇江恒顺醋醅样本进行细菌菌株的分离,通过遗传分析——16S rRNA基因序列分析方法,对从醋醅样本中分离出的细菌进行菌种鉴定及多样性分析,并基于近乎完整的16S rDNA序列,构建系统发育树,完成系统学分析。　　 将序列相似度为99％的判定为一个种,序列相似度为97％的判定为一个属。结合16S rRNA基因序列的同源性分析结果,陕西醋醅中分离得到的菌株都可以鉴定到种,而镇江恒顺醋醅中分离得到的菌株大部分能鉴定到种,其余部分可以鉴定到属。　　 从处于发酵初期的陕西醋醅样本和镇江恒顺醋醅样本中都可检出巴氏醋酸杆菌(Acetobacter pasteurianus),但到醋醅成熟时,Acetobacter pasteurianus便很难再分离出,可能是其生长受到了酸度的抑制。两种醋醅样本中都可以分离得到芽孢杆菌和类芽孢杆菌,但种类上存在差异,大部分检出的芽孢杆菌和类芽孢杆菌都有产酸能力。　　 陕西未成熟醋醅样品中分离出的优势种群为:解淀粉芽孢杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),与其已成熟醋醅样品中分离得到的优势种群一致,但两者数量上存在差异。由于芽孢杆菌具有极强的抗逆性,因此芽孢杆菌属在实际醋酸发酵过程中的重要性可能比试验数据所反映出的要低。与陕西醋醅样本相比,镇江恒顺醋醅样本中还含有乳酸菌、柠檬酸杆菌及Lysinibacillus sp.,其细菌组成更多样,有机酸种类更多,可以形成更加丰富的香气和风味成分。　　 对菌株Y22-1辅以化学成分分析-脂肪酸甲酯(FAMEs)分析,FAMEs分析可将其准确鉴定到属。对于可培养的细菌,可考虑将FAMEs分析作为未知菌株的初步鉴定手段,再结合16S rDNA序列分析或DNA-DNA杂交分析等其它的鉴定方法,实现对待测细菌菌株的多相分析,提高鉴定结果的准确性。