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晚疫病菌（Phytophthora infestans）引起的马铃薯晚疫病是云南省马铃薯主产区中最严重的病害，研究晚疫病菌群体的的遗传多样性和生殖特点，是建立有效的马铃薯晚疫病综合防治措施的基础，本研究测定了168个采自云南省马铃薯主产区的晚疫病菌的交配型和线粒体DNA单倍型，同时，还测定了F1代菌株交配型的分离比，并用SSR分子标记对F1代菌株的遗传重组和遗传多样性进行了分析。主要研究成果如下：1.2012年至2013年间，从云南省马铃薯主产区采样并分离得到248株晚疫病菌株。2.分别用对峙培养和分子标记检测对168个菌株进行了交配型的测定，其中91株为A2交配型，占供试菌株的54%；77株为A1A2交配型，占供试菌株的46%。3.对168株菌株进行了线粒体DNA单倍型的测定，发现168个供试菌株的线粒体DNA单倍型都是Ia型，说明Ia型是云南省优势mtDNA单倍型群体。4.利用SSR分子标记对采自云南同一地块的24个菌株进行了遗传多样性分析，在遗传相似系数为0.91处，可将这24个菌株分为4个聚类群体，SG3组包含了14个菌株，占供试菌株的58.3%。5.收集4对杂交组合（①DB1204X DN111、②Jche1204X DN111、③XD1213X80029、④JCHE1207X80029）的卵孢子，培养获得240个F1代菌株，经交配型测定，结果显示：A1交配型为55个，占供试菌株的23%，A2交配型150个，占62.5%，自育型菌株35个，占14.5%，A1交配型和A2交配型的菌株数目比不是1：1。6.利用SSR分子标记对F1代菌株进行遗传多样性分析，统计发现有32个F1代菌株（占总菌株的17.11%）出现了不同于两个亲本的新的带型，其余的155个F1代菌株的带型分别与亲本菌株之一相同。综上所述，本研究结果表明：2012-2013年采集的云南省马铃薯晚疫病菌中没有发现A1交配型和自育型的菌株，且所有菌株的线粒体DNA单倍型均为Ia型。对来自同一田块的24个菌株进行SSR分子标记检测，结果显示该群体的遗传多样性水平不高。来自4对亲本的240个F1代菌株的交配型分离比差异较大，分离比不是1:1；对其中的187个F1代菌株进行SSR遗传多样性分析，发现有32个F1代菌株发生了遗传重组。