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牡蛎(Ostreidae)是世界范围内广泛分布的一类物种，同时也是我国乃至全世界范围内产量最大的经济贝类。其中太平洋牡蛎在我国南北沿海均有广泛分布，是我国目前最主要的养殖品种。但是近年来，养殖的太平洋牡蛎品质不断下降，种质也出现退化，亟需开发培育出产量高，品质好的太平洋牡蛎新品种。同时，由于牡蛎的贝壳可塑性很强，随着生活环境的变化极易发生变化，因此，牡蛎的系统学分类以及种质鉴定方面仍有争论，这也为太平洋牡蛎基础群体的构建以及优良品种的分子辅助选育带来困难。本研究将以太平洋牡蛎为主要研究材料，简要探讨SRAP技术及EPIC-PCR技术在太平洋牡蛎群体遗传学及分子系统学中的应用。
1、从30对SRAP引物组合中筛选出12对扩增结果稳定，多态性高的引物组合对来自我国沿海的四个太平洋牡蛎群体进行遗传多样性分析。结果表明：在物种水平上，12对引物组合共扩增得到249条条带，其中多态性条带248条，多态比例为99.60％。Neis基因多样性指数(h)为0.2710，Shannon信息指数(D为0.4284，遗传分化系数Gst为0.1969。群体水平上的多态性位点比例为72.69％-83.53％，平均为78.51％。各个群体间的遗传距离为0.0769-0.1101，平均为0.0918，其中以大连和汕头群体的遗传关系最远，舟山和汕头群体的遗传距离最近。
2、利用第一部分实验得到的12对SRAP引物组合中的11对，对6种巨蛎属牡蛎：太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)、葡萄牙牡蛎(Crassostrea angula ta)、香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)、有明牡蛎(Crassostreaariakensis)、熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)以及Crassostrea iredalei的分类地位进行初步分析，进而考证了SRAP技术在巨蛎属牡蛎分子系统学中的适用性。聚类结果显示：SRAP对太平洋牡蛎(C.gigas)和葡萄牙牡蛎(C.angulata)以及香港巨牡蛎(C.hongkongensis)和近江牡蛎(C.ariakensis)这种亲缘关系较近的牡蛎种有良好的区分能力，但是对于亲缘关系较远的牡蛎物种如：太平洋牡蛎(C.gigas)、葡萄牙牡蛎(C.angulata)和熊本牡蛎(C.sikamea)三者之间的系统关系鉴别能力较差。
3、通过对ncbi上登载的太平洋牡蛎基因序列进行分析，设计并成功筛选出9对来自四条不同序列的太平洋牡蛎的EPIC-PCR引物。其中根据谷氨酰胺合成酶基因第四内含子所设计的引物以及根据热激蛋白70同源蛋白基因第四内含子设计的引物在巨蛎属的其他5种牡蛎中：葡萄牙牡蛎(C.angulata)、香港巨牡蛎(C.hongkongensis)、有明牡蛎(C.ariakensis)、熊本牡蛎(C.sikamea)以及C.iredalei中具有良好的通用性。其中根据谷氨酰胺合成酶基因第四内含子序列构建的6个物种的系统发育树与目前已知的6个物种的分子系统学关系基本一致。由此验汪了EPIC-PCR作为一种新型的分子标记在分子系统学中良好的应用前景。