随着人类基因组计划的完成,蛋白质组学已成为后基因组时期的国际主攻领域,是生命科学的新的生长与发展点。质谱技术的飞速发展使得shotgun MS/MS成为蛋白质组学的核心技术,特别对于蛋白质复合物的鉴定,蛋白质互联网的解析,信号转导途径的分析,代谢途径的重构以及细胞行为的模拟等方面会有重大的应用。利用串联质谱数据进行蛋白质鉴定是这些应用的基础,因而也是极富挑战性的课题。用串联质谱(tandem mass spectrometry, MS/MS)可以进行多肽的从头测序(de novo sequencing),并搜索数据库以鉴定蛋白质。我们用图论以及实验谱-理论谱联配(alignment)的方法对串联质谱得到的实验谱进行从头解析,得到了可靠的多肽序列,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时,还用统计的方法对SwissProt以及TrEMBL蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明,3个四肽或者2个五肽或者1个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质。目前,已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学(shotgun proteomics)研究中。然而,它们仍存在大量错误的多肽鉴定。我们提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法。本算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率,候选多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式。经过用37044个串联质谱搜索包含88374个蛋白序列的数据库进行多肽鉴定的测试表明,根据本算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性。