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第一部分缅甸输入性Ⅰ型和Ⅱ登革病毒的全基因组序列测定和进化分析背景:登革热是世界上最常见的蚊媒传染病,已对全球公共卫生造成了严重威胁。自2005年以来,中国云南省几乎每年都会监控到来自缅甸的散发登革病毒输入性病例。然而,从缅甸输入的DENV-1和DENV-2分离株的完整基因组序列尚未揭露。方法:通过二代测序鉴定了 DENV-1（YNPE1）和DENV-2（YNPE2）两株从缅甸输入病例中分离的新病毒株的全长基因组序列。通过5’/3’RACE和Sanger测序验证YNPE2病毒株基因组的末端序列。此外,采用系统发育分析分别探究YNPE1或YNPE2分离株的遗传关系;利用重组分析和选择压力分析,以确定YNPE2分离株的分子特征。结果:全基因组测序显示,YNPE1分离株基因组全长为10,821个碱基,含有一个编码3,392个氨基酸的开放阅读框。YNPE2株的全长序列为10,741个核苷酸,含有一个编码3,391个氨基酸的开放阅读框,两翼分别是96个核苷酸的5’ UTR和452个核苷酸的3’UTR。YNPE1病毒株与斯里兰卡的DK87株（KP398852）和泰国的TH/BID-V2270株（FJ687427）紧密相关,核苷酸相似率和氨基酸相似率皆为98%。进化分析显示YNPE1属于基因型I。YNPE2病毒株与两个密切相关的分离株ThD2007801 株（DQ181797）和 DENV-2/TH/BID-V2157/200 株（FJ639832）具有99%核苷酸相似性和99.8%氨基酸相似性。系统发育分析表明,YNPE2株属于亚洲I基因型,可能来自泰国株（DQ181797）。此外,选择压力分析揭示了YNPE2分离株的NS4B和NS5蛋白的两个氨基酸位点,具有阳性选择的重要证据。结论:本研究首次揭示了从缅甸输入病例中分离的DENV-1（YNPE1）和DENV-2（YNPE2）病毒株的完整基因组序列和分子特征,从而为登革病毒的未来监测,流行病学和疫苗开发提供了有价值的参考基因组。第二部分 多瘤病毒SV40来源的环状RNA的发现背景:环状RNA（circular RNA,circRNA）是一种多细胞生物普遍表达的内源性RNA,具有miRNA海绵、调节因子、翻译模板等多种生物功能,其还与肿瘤、神经退化性等多种疾病的发生和发展密切相关。最近,circRNA在EBV、KSHV等多种环状双链DNA肿瘤病毒中被发现。然而,作为DNA肿瘤病毒研究模型的多瘤病毒猿猴空泡病毒40（SV40）,其circRNA表达谱至今未被揭示。方法:SV40病毒感染Vero细胞的样品抽提总RNA,再分别去除rRNA、RNase R处理后进行RNA-seq,得到的测序数据通过CIRI软件预测病毒来源的circRNA。候选 circRNA 通过 divergent PCR、Sanger 测序、RNase R 抗性分析和 Northern blot 方法来验证是否是SV40病毒来源的新circRNA分子。将SV40感染细胞的细胞质和细胞核分离后定位circRNA。采用过表达circRNA初步探究其功能。结果:去除rRNA、RNase R处理的RNA-seq分别预测到10个和8个circRNA,其中有4个circRNA是这两种处理方法共同获得的。候选circRNA通过divergent PCR、Sanger测序、RNase R抗性分析和Northern blot一系列实验验证,有一个147nt的circRNA被鉴定为SV40来源的circRNA分子。由于这个circRNA是SV40 17kT第二个外显子的反向剪接产生的,所以被命名为circ-17kT。circ-17kT能在Vero细胞中持续表达,表达趋势呈先上升后下降。亚细胞定位结果显示,circ-17kT在病毒感染早期主要定位于细胞核中（MOI=1,24小时）。过表达circ-17kT显示,circ-17kT能正反馈促进SV40大T抗原基因的表达。结论:该部分工作系统分析了 SV40的circRNA表达谱,首次发现了 1个病毒来源的circRNA—circ-17kT。亚细胞定位分析发现circ-17kT在病毒感染早期主要定位于细胞核。初步功能分析显示,circ-17kT能正反馈增强其母本基因LT的表达,提示其参与了 SV40诱导的细胞转化过程。这些发现将对探究SV40致病性、病毒与宿主相互作用以及circRNA功能提供新的线索。