农地经营权入股合作社是将零碎的土地资源集中起来合理利用,在明晰权利主体的前提下,充分发挥土地功能,调动农民积极性。入股合作社过程中,农民权益的保障是合作社良性发展的基础,但是我国法律在农地经营权入股合作社方面的规定较少且过于模糊,缺少相关具体细则。2017年《中华人民共和国农民专业合作社法》进行修订,新法更加完善,但是在农地经营权入股合作社方面仍然规定较少,因此,实践操作在无法可依、无据可循的情况下容易出现各种问题。为了解决实践困境,需要通过实践现状并结合相关立法及理论进行分析,进而找出解决实践难题的可行性对策,完善农地经营权入股合作社制度,践行中央“依法推进土地经营权有序流转”的政策要求。本文从农地经营权入股的实践案例出发,提出农地经营权在入股合作社中存在的具体问题,从立法和理论层面进行分析,进而提出相关完善建议。总体结构如下:首先,通过对陕西、湖南和山西地区农地经营权入股合作社的现状以及实践案例进行研究,找出农地经营权入股合作社中存在的问题:包括农地经营权入股的主体不明确、经营权入股价格评估方式不合理、入股后纠纷解决和风险保障机制不健全、“假、空合作社”现象严重以及退股机制不完善等问题。其次,从立法及理论层面进行法律分析,全国性立法较为抽象,地方立法各不相同,导致实践操作出现困境,而根本原因在于对农地经营权入股合作社的属性界定存在争议。通过对农地经营权入股合作社的法律属性分析,为接下来具体问题的解决提供理论指导。最后,在上述分析的基础上,针对前文提出的具体问题提出建议:在法律中明确“家庭承包”方式的农地经营权主体为“农民个人”;由政府牵头建立专门的农地入股价格评估机构;健全风险保障机制,在乡(镇)地区建立土地仲裁机构并保证数量充足,完善相关社保制度;提高入社门槛,加强监督审查力度,防止“假、空合作社”的产生,同时加强对农民的宣传教育,增加对合作社的了解,避免盲目跟风组建合作社,浪费国家资源且不利于自身发展;完善退股机制,确保退社过程中各方利益的保护。