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丛赤壳类真菌是子囊菌的重要类群，包括植物病原、产生抗生素、具生防价值以及产生毒素的真菌，对其研究兼具理论和应用价值。本研究对浙江，福建，江西和北京部分地区采集的标本，以及少数源自吉林、湖南、广东、广西、宁夏、海南、四川、云南等省的标本共计352份进行分类学研究。同时对部分标本进行单孢分离，获得纯培养菌株115株。鉴定出生赤壳科4属16种，丛赤壳科7属30种。其中新种14个：竹生赤壳(Bionectria bambusae J.Luo& W.Y Zhuang)、吴氏生赤壳(Bionectria wenpingii J.Luo& W.Y Zhuang)、云南水球壳(Hydropisphaerayunnanensis J.Luo& W.Y Zhuang)、刺孢拟赤壳(Nectriopsisspinulospora J.Luo& W.Y Zhuang)、双头孢丽赤壳(Calonectria dicephalospora J。Luo& W.Y Zhuang)、盘状赤壳(Cosmospora cupularrs J.Luo& W.Y Zhuang)、巨孢赤壳(Cosmospora gigasJ.Luo& W.Y Zhuang)、微赤壳(Cosmospora minutaJ.Luo& W.Y Zhuang)、囊胞赤壳(Cosmospora vesiculosa J.Luo& W.Y Zhuang)、庐山血赤壳(Haematonectria lushanensis J.Luo& W.Y Zhuang)、混淆新丛赤壳(Neonectria confusa J.Luo& W.Y Zhuang)、鼎湖新丛赤壳(Neonectriadinghushanica J.Luo& W.Y Zhuang)、刺孢新丛赤壳(Neonectria spinulospora J。Luo& W.Y Zhuang)和条孢新丛赤壳(Neonectria striatispora J.Luo& W.YZhuang)，中国新记录种6个：槐生赤壳(Bionectria kowhaii(Dingley)Schroers)、线孢生赤壳(Bionectria grammicospora(Ferd.& Winge) Schroers& Samuels)、糠生赤壳(Bionectria pityrodes(Mont.) Schroers)、粗纹生赤壳(Bionectriasubquaternata(Berk.& Broome)Schroers& Samuels)、支柱水球壳(Hydropisphaera suffulta(Berk.& M.A. Curtis) Rossman& Samuels)和大双孢新丛赤壳(Neonectria macrodidyma Hallen，Schroers& Crous)，订正了2个种。提供了我国上述两科真菌的分属和分种检索表。
采用ITS和28S nrDNA基因序列分析的方法，探讨了丛赤壳科的属间关系。结果表明，Cosmospora和Neonectria两个属均不是单起源的，目前概念下的Cosmospora可能包括3个独立的属，并与它们所对应的无性型相关联，现纳入Neonectria的‘Nectria’mammoidea-Group可能代表一个独立的属；Gibberella是一个概念清楚的属，与Albonectria关系较近；Nectria与狭义的Cosmospora关系较近。基于ITS区域序列分析，对Bionectria属内种间的关系进行探讨，建立了一个新种，同时发现Bionectria subgen.Epiphloea并非单系群，对该属部分亚属的划分提出了质疑。