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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRS virus,PRRSV)引起的重要传染病。由于病毒的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)缺乏校对功能,在复制过程中病毒基因组序列容易发生突变。自1991年首次分离到PRRSV以来,其变异毒株不断出现,造成PRRSV的遗传多样性十分复杂。为了解我国北美洲型(North-American type,NA-type)PRRSV的遗传变异情况,本研究从2014-2018年来自9个省份的PRRSV感染病料中分离了12株NA-type PRRSVs,并测定其全基因组序列,发现多数毒株存在重组现象。为进一步发现NA-type PRRSV的重组规律和遗传变异特征,本研究对中美两国1991-2018年期间的NA-type PRRSVs全基因组序列(新测毒株序列138条、GenBank中所有的中美NA-type PRRSVs序列713条)进行了遗传进化、重组和NSP2插入缺失(Indel)多态性分析。结果发现:(1)2014-2018年中国的NA-type PRRSVs分为3个分支(Lineage,L),即L1、L3和L8分支,美国NA-type PRRSVs分为L1、L5、L7和L8分支。并且L1分支中的NADC30-like PRRSVs种群遗传多样性逐渐下降,NADC34-like PRRSVs多样性相对平稳。(2)NSP2根据插入缺失位置的不同,划分为5种缺失类型。(3)2014-2018年中美两国NA-type PRRSVs毒株的分支间重组热点分布于NSP9和GP2-GP3。从1991-2013年到2014-2018年,中美重组毒株的主要亲本呈现了一个从复杂到单一的趋势。中国重组毒株的主要亲本以L8分支为主向L1分支为主转变,而美国重组毒株的主要亲本一直为L1分支为主。(4)分支内重组断点分布于整个基因组。同时,本研究对欧洲型(European type,EU-type)PRRSV进行遗传变异分析,毒株序列包括3株新测得基因组序列和GenBank中1991-2018年所有EU-type PRRSVs基因组序列(n=88)。结果发现:(1)HL85株在ORF3和ORF4的重叠区域存在11个氨基酸的连续缺失。(2)EU-type PRRSVs高频重组区域集中在NSP2和GP2-GP4。(3)NSP2发生缺失的毒株数量较多(61/91),缺失氨基酸的数量从1-148个不等,包括3种主要的缺失类型。(4)系统进化分析表明,我国多数的EU-type PRRSVs可能与3起境外毒株输入有关。本研究对1991-2018年中美NA-type PRRSVs全基因组序列(n=851)、1991-2018年EU-type PRRSVs全基因组序列(n=91)进行了遗传进化分析,发现了NA-type PRRSVs的高频重组区域NSP9和GP2-GP3、EU-type PRRSVs的高频重组区域NSP2和GP2-GP4以及NSP2存在复杂的插入缺失多样性。本研究结果为进一步了解PRRSV的遗传变异和重组特征提供了重要参考和理论依据。