水稻是我国重要的口粮作物之一,经历两次绿色革命后水稻产量稳步提升,水稻遗传改良的目标也由高产转向高产优质兼顾。垩白是稻米最重要的品质性状之一,直接影响稻米的加工品质、外观品质以及蒸煮食味品质。因此,开展水稻垩白QTL定位研究,对克隆垩白控制基因,阐明垩白遗传机理具有重要意义。本实验室前期研究以低垩白粳稻材料水晶3号和高垩白粳稻材料拉木加构建了F2分离群体和BC1F2群体,并分别以这两个独立的分离群体利用QTL-seq结合分子标记作图定位了2个控制粳稻垩白的QTL位点。结合籽粒转录组与重测序数据对定位目标区间内的基因进行分析,进而预测该QTL的候选基因,为粳稻垩白调控基因的精细定位和克隆奠定基础。具体研究结果如下:1、根据实验室前期F2群体QTL-seq研究结果,第8染色体存在垩白相关QTL,本研究利用200株F2群体单株通过分子标记定位技术对第8染色体上的垩白QTL（q CR8）进行了验证并将候选区间缩小到0.8 Mb的染色体区间（17.7 Mb-18.5 Mb）,该QTL的LOD峰值为7.08,表型贡献率PVE为15.9%。2、结合拉木加和水晶3号亲本以及36份不同垩白粒率种质资源的转录组测序基因表达分析结果及亲本重测序基因变异位点的功能分析对q CR8区间内的60个基因进行筛选,最终得到q CR8的候选基因15个。3、选择F2分离群体中与低垩白亲本水晶3号垩白粒率相近的极端低垩白单株与高垩白亲本拉木加回交构建BC1F2群体,该群体内单株垩白粒率呈连续分布,最低为7.52%,最高为100%,垩白率呈偏向高垩白亲本的偏态分布。对BC1F2群体选择垩白粒率分布的两端各25株等量混合DNA进行QTL-seq测序分析,共检测到5个垩白相关QTL,分别位于第1、2、5、6、10染色体上。其中位于第1染色体上的QTL（q CR1）在同一环境的F2群体和BC1F2群体重复检测到。4、根据亲本重测序结果在QTL-seq检测到q CR1定位区间内设计筛选多态性引物,利用213株BC1F2群体单株通过分子标记检测对第1染色体上的垩白QTL进行了验证并将候选区间缩小至0.2 Mb的染色体区间（6.9 Mb-7.1 Mb）,该QTL的LOD峰值为9.80,表型贡献率PVE为19.8%。5、结合转录组测序基因表达分析及重测序基因变异位点功能分析对q CR1区间包含的27个基因进行筛选,最终得到13个q CR1的候选基因。