在全面深入推进城乡社区协商建设的现实背景下,农村社区矛盾相互交织,给农村社区治理带来了巨大的挑战,传统的治理模式已然不能满足治理需求。农村社区协商治理是完善我国社区治理体系的重要组成部分,是推进社会主义协商民主广泛多层制度化发展的应有之义,也是推进国家治理体系和治理能力现代化的必然要求。对农村社区协商治理的运行机制进行研究,有利于提高农村社区治理效能,提高基层民主化水平。在宏观层面,基于农村社区治理实验区的实践案例,运用Nvivo质性分析软件对农村社区协商治理运行逻辑的核心要素进行分析,得到治理创新、多元参与和利益诉求三个核心要素。农村社区协商治理的运行逻辑是由国家逻辑下的治理创新需求、社会逻辑下的多元互动协商、群众逻辑下的多元利益诉求构成。在微观层面,通过实地调研对隆安县农村社区协商治理进行案例验证,补充完善农村社区协商治理运行框架。农村社区协商治理始于实践,最终指导实践。在此基础上,提出完善农村社区协商治理运行机制的路径为国家逻辑下协商制度供给与保障;社会逻辑下多元主体互动与合作;群众逻辑下协商文化建立与完善,从而增强农村社区协商治理的指导力和适用性。