本文首先梳理了国内外有关区域创新效率的研究,在现有研究的基础上提出评价区域创新效率的指标体系。将R&D人员全时当量和R&D经费作为区域创新的投入指标,将专利数量、科技论文发表数量和高技术产业增加值作为产出指标。通过历年《安徽省统计年鉴》和《安徽年鉴》收集到各个指标数据,并从安徽省创新建设成果和创新建设不足两个方面阐述安徽省区域创新发展情况。运用DEA中的BCC模型对2011-2014年安徽省16市创新系统效率进行测算,在此基础上总结创新系统效率的基本特点,并依据前面的数据,利用曼奎斯特(Malmquist)指数模型测算16市创新系统效率的动态指数。运用DEA模型对安徽省16市的创新效率进行测度,分析发现安徽省区域创新效率总体还是比较高的,其中,亳州、宿州和六安3市2011-2013年连续三年区域创新效率有效,亳州和六安2市2011-2014年连续4年区域创新效率有效。如果将安徽省16市的平均创新效率作为全省创新效率,安徽省拥有较高的创新效率,技术效率数值已经达到0.9以上,规模效率虽然低于技术效率,但是2013年其数值也达到了0.905,综合效率数值也达到了0.8以上,处于较好水平。通过对安徽省区域创新效率动态评价分析得出,安徽省各城市中,全要素生产率变动指数大于1的城市有9个,其中皖北地区有淮北、亳州共2市,皖中地区有六安、马鞍山共2市,皖南地区除去安庆,其他5市全要素生产率变动指数均大于1,包括芜湖、宣城、铜陵、池州和黄山。即大多数城市的全要素生产率是增长的。在对安徽省各城市的创新效率的动态分析中发现,共有9个市的全要素生产率变动指数超过1,其中皖南地区有芜湖、铜陵、宣城、黄山以及池州5个市,皖北地区的包括亳州和淮北2个市,安徽中部地区有马鞍山和六安2个市。安徽省大部分城市的全要素生产率是逐渐提高的。如果把安徽省划分为皖北、皖中以及皖南三个地区进行研究,研究发现皖中地区和皖南地区的全要素生产率变动指数高于1,皖北地区则小于1,从而可以看出皖南地区和皖中地区的全要素生产率呈现增长的势头,而皖北地区全要素生产率是逐渐降低的。皖北地区由于技术变动较低,导致全要素生产率变动指数小于1,在今后的发展中应加大对皖北地区的技术投入。皖中地区技术发达,规模相对较小,因此具有较高的增长速度,应加强对皖中地区人力和财力的投入。皖南地区各分解指标均居中,其全要素生产率变动指数是最高的,具有最高的增长速度,今后应大力发展皖南地区。