目的：关黄柏(Phellodendri Amurensis Cortex)是我国传统名贵药材,也是黑龙江省道地药材之一。其源植物黄檗(Phellodendron amurense Rupr.)为濒危国家二级保护植物。本研究通过AFLP (Amplified fragment length polymorphism,扩增片段长度多态性)方法分析不同产地关黄柏的基因组DNA多态性,构建关黄柏DNA植物图谱,并建立优化的关黄柏总DNA提取及AFLP分析体系。为广泛开展关黄柏种质资源分析与保护奠定基础。通过该优化的AFLP分析体系,可以对其他来源的样本进行系统地、程式化地分析,大大缩短实验周期。同时也可以通过遗传多样性的分析,初步探讨中药(关黄柏)道地性形成的可能机制。方法：随机采集黑龙江阿城和帽儿山两个野生种群(分别标记为A和M)以及黑龙江中医药大学药用植物园人工栽培品(标记为Z)共计51个样本。通过CTAB法、植物基因组提取试剂盒法提取关黄柏总DNA,并采用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度法比较两种方法的优劣。通过扩增片段多态性分析方法,对来自不同地区的关黄柏样本进行多态性分析,建立关黄柏DNA指纹图谱。不同样本间表现出了不同的多态性,对分析结果进行聚类分析(UPGMA),得到各样本间遗传距离。在此过程中建立了适用于关黄柏的优化的AFLP分析体系。AFLP分析不依赖样本DNA信息,且分析精度高,重复性好。利用不同的限制性内切酶和微量的DNA就可以进行分析结果：3类51个样品混合基因池经10对荧光引物AFLP分析共扩增得到967条带,平均为96.7条,对8对引物进行数据处理共得到911条带,条带数分布范围为14-53.其中A扩增出310条带,Z扩增出269条带,M扩增出332条带。引物对6-5的多态性最高,PPL按A,Z,M顺序依次为46.15%、26.92%、20.19%;引物对9-8多态性最低,PPL按A,Z,M顺序排列依次为26.96%、23.48%、33.04%。结论：AFLP方法完全适用于濒危药物关黄柏遗传多态性分析,分析结果重现性好,从64对引物组合中筛选得到10对多态性高的引物组合,可以直接用于分析其他来源的道地与非道地关黄柏样本。对广泛开展优良种质的鉴别和保护提供依据。