我国十八届三中全会通过的全面深化改革若干重大问题的决定,将“建立权责发生制的政府综合财务报告制度”列入财税体制改革的重要内容,充分体现了我国对政府会计改革的高度重视。从2019年1月1日起全国行政事业单位全面执行新的政府会计准则和制度,标志着政府会计制度改革正式开启。《政府会计制度》整合了基建会计核算,即单位要按照该制度的规定将基建会计不再单独核算,而是纳入单位大账统一核算。这有助于解决行政事业单位资产与账面不符的问题,能够全面反映基建项目的财务状况,对提高政府会计信息质量、全面反映单位运行成本和财务状况、推进预算绩效管理具有重要的作用。但《政府会计制度》并未明确基建账统一并入大账中核算的具体操作细则,通过查阅此前学者的文献发现由于该制度出台时间不长,对此问题的研究较少,存在研究的内容较为片面、研究还不够深入的问题。据此,对《政府会计制度》实施后高校基建并账的研究是很有必要的。本文运用文献资料法、调查研究法、案例分析法等方法进行阐述,通过对高校基建会计核算规则的历史演进进行了梳理,分析了各阶段的核算特点,通过梳理高校在各阶段的基建会计与大账分开核算的方式,并一一对应分析了各阶段核算方式的存在问题。本文选取了基建项目多、投资金额大的A高校,根据新制度关于基建账在大账中统一核算的规定,在对比政府会计制度前高校基建会计科目设置和核算体系后,探索构建执行新政府会计制度后的A高校基建会计科目设置和核算体系的建立,在此基础上形成了较为完整且具有实际操作性的基建并账操作流程,并针对现行制度下基建并账过程中的存在问题进行分析,针对这些问题提出改进的建议,同时也给高校应对政府会计改革提出更深入的思考。