本课题主要采用分子对接和分子动力学模拟的方法,结合中药对Ⅱ型糖尿病及高血脂等疾病的治疗效果,从已解析出结构的天然中药中选取以黄酮类化合物为主的38种中药成份,筛选过氧化物酶体增殖物激活受体的天然泛激动剂,以探索中药化合物治疗Ⅱ型糖尿病及高脂血症的机理,为中药在分子水平上治疗疾病提供理论依据。通过实验可知,姜黄素、白藜芦醇、汉黄芩素、黄芩苷元、大豆黄素代谢产物Ⅲ和Ⅳ六种物质与过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型对接后都在AF2、helix3、helix7、helix10及4个β-sheet所形成的疏水性活性腔中。因此,它们可作为过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型潜在的天然泛激动剂。选取其中的一个化合物汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型的对接复合物进行分子动力学模拟,研究配体与过氧化物酶体增殖物激活受体三种蛋白质间的相互作用机理。结果表明:汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三个亚型对接后,都处于AF2、helix3、helix7、helix10与4个β-sheet之间形成的一个疏水位置。同时对汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型间的氢键、疏水及静电相互作用进行分析的结果表明:汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体α、δ之间没有氢键形成,仅有过氧化物酶体增殖物激活受体γ的Ser289和汉黄芩素苯环上的羟基之间形成了氢键;汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三种蛋白质活性腔存在较弱的疏水作用;另外,汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型蛋白之间的静电作用很强。因此,汉黄芩素与过氧化物酶体增殖物激活受体三种亚型蛋白之间的相互作用以静电作用为主。